Covid-19 : six questions sur la première contamination française au nouveau variant du virus

"Il est déjà chez nous", estimait l'infectiologue Jean-Daniel Lelièvre, mardi 22 décembre. C'est désormais une certitude. Un premier cas de contamination au nouveau variant du Sars-CoV-2 a été identifié à Tours (Indre-et-Loire), a annoncé vendredi 25 décembre le ministère de la Santé dans un communiqué. Ce variant du virus, nommé "VOC 202012/01" et détecté dès septembre au Royaume-Uni, inquiète désormais toute l'Europe. Après avoir été observé chez de nombreuses personnes contaminées à Londres et dans le sud-est de l'Angleterre, il a conduit les autorités britanniques à reconfiner ces régions, et poussé plusieurs pays, dont la France, à limiter les échanges avec le Royaume-Uni.

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1Que sait-on du patient de Tours ? 

"Il s’agit d’un homme de nationalité française résidant en Angleterre", précise la direction générale de la santé (DGS) dans son communiqué. Arrivé de Londres le 19 décembre, l'individu a été pris en charge au CHU de Tours (Indre-et-Loire) le 21 décembre pour une autre pathologie et détecté positif au Covid-19 "dans le cadre de la procédure habituelle", a précisé la DGS à France Télévisions. "Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre national de référence des virus des infections respiratoires, qui a confirmé ce jour l’infection au variant VOC 202012/01", poursuit le ministère.  

L'homme en question est "asymptomatique" au Covid-19, "se porte bien" et a été placé en isolement à son domicile, ajoute la DGS. Les autorités sanitaires procèdent à un contact-tracing afin d'identifier tous les professionnels de santé l'ayant pris en charge, ainsi que ses proches "pour procéder à leur mise en isolement strict". 

2Comment ce cas français a-t-il été identifié ?

"Le test RT-PCR positif a été classé atypique en raison d’une discordance sur la protéine S et donc envoyé au Centre national de référence (CNR) pour un séquençage le 22 décembre. Le résultat du séquençage a été obtenu le 25", a précisé la DGS à France Télévisions

En clair, le génome du virus prélevé a été séquencé et analysé afin de voir ses spécificités.  "Si vous voulez spécifiquement regarder si c'est le variant anglais, vous savez sur quels nucléotides parmi les 29 000 il y a eu des variations, donc il suffit de regarder à ces endroits-là", explique au Parisien (article abonnés) Jean-Daniel Lelièvre, chef du service d'infectiologie de l'hôpital Henri-Mondor de Créteil.

Toutefois, cette analyse est loin d'être systématique. En France, "sur les derniers jours, 500 souches virales ont été analysées en génétique", a expliqué lundi 21 décembre Olivier Véran sur Europe 1. Des efforts seront réalisés pour séquencer davantage, a assuré le ministre de la Santé, prévenant que le variant du virus pouvait potentiellement déjà circuler en France sans avoir été identifié.

3Doit-on craindre d'autres cas non identifiés ?

Comme le nouveau variant ne semble pas aggraver la pathologie du Covid-19, il est probable que des cas de contamination à ce variant soient passés sous les radars sanitaires. D'autant plus que la France séquence bien moins de souches virales que ses voisins, pointe Libération. Elle accumule un retard conséquent en la matière : les chercheurs français publient en effet moins d'une séquence génétique pour 1 000 cas recensés sur la plateforme Gisaid, soit 50 fois moins de séquences que les Britanniques. "Si on le cherche, on le trouve", résume le généticien Philippe Froguel, qui plaide pour une intensification du séquençage des prélèvements positifs.

Je viens d être interrogé par @BFMTV sur le cas de souche de Tours: la preuve est faite que le variant viral a traversé la Manche et que si on le cherche on le trouve. Il faut intensifier le sequençage massif et mettre en place le reseau sentinelle Senticov proposé au gouv pic.twitter.com/2J793LrAZ5

— Philippe Froguel (@philippefroguel) December 25, 2020

Pour palier ce retard, "un système de détection et de surveillance des cas possibles d’infection ou de portage du variant VOC 202012/01 a été mis en place par Santé publique France et les Centres nationaux de référence (CNR), en lien avec les laboratoires d’analyses", explique le ministère de la Santé. "Les laboratoires adressent au CNR pour séquençage tout résultat de test PCR positif pour une personne revenant du Royaume-Uni ou ayant été en contact rapproché avec une personne revenant du Royaume-Uni ou tout résultat de test PCR pouvant évoquer le virus variant". Une procédure analogue a été mise en place pour les personnes revenant d'Afrique du Sud, où un autre variant du Sars-CoV-2 circule, précise la direction générale de la santé. Plusieurs prélèvements positifs pouvant faire évoquer le variant du Royaume-Uni sont actuellement en cours de séquençage.

4Que sait-on de ce nouveau variant ?

Ce variant qui présente 22 mutations sur son génome a été identifié à la mi-septembre sur le sol britannique et est depuis étudié. Selon les premiers éléments connus, "il semble que la pathologie provoquée par ce variant n’est pas plus grave que précédemment", a expliqué Olivier Schwartz, responsable de l’unité virus et immunité à l’Institut Pasteur, à franceinfo. Mais ce nouveau variant serait peut-être plus facilement transmissible. C'est ce qu'estime le gouvernement britannique, qui parle d'une situation "hors de contrôle" après l'augmentation du nombre de cas dans le pays. Une affirmation contredite par l’OMS et que les scientifiques prennent avec des pincettes car, pour l'instant, aucun lien direct n'a encore été établi entre l'émergence du variant et la hausse du nombre de contaminations observées dans le sud-est de l'Angleterre. 

Une étude réalisée "sur la base des données préliminaires disponibles" et mise en ligne jeudi 24 décembre conclut que le nouveau variant "pourrait être 50% à 74% plus transmissible" que les formes du virus jusqu'ici en circulation, résume l'un des auteurs, Nick Davies, biologiste à la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM). Toutefois, cette estimation préliminaire doit encore être analysée et validée par des experts indépendants.

5Dans quels autres pays a-t-il été identifié ? 

Le nouveau variant a déjà été notamment retrouvé en Italie, aux Pays-Bas, en Irlande, au Danemark, en Belgique, en Suède et même au Liban et au Japon. Quatre cas avérés et trois autres cas suspects ont été identifiés sur le sol espagnol samedi 26 décembre, rapporte El Pais (en espagnol). Aucun de ces patients espagnols ne présente de forme grave du Covid-19, précise le quotidien.

Un premier cas en Allemagne a également été identifié jeudi 24 décembre, à 50 kilomètres de Strasbourg, dans le Land du Bade-Wurtemberg, rapporte France Bleu Alsace.

6Est-ce préoccupant ?

Il est normal qu'un virus mute, rappellent les scientifiques. Les connaissances actuelles ne permettent pas encore d'évaluer avec précision le danger que représente ce nouveau variant, "mais il est sûr que cela risque de créer de nouveau une tension hospitalière ou du moins d'empêcher d'avoir un nombre de contaminations qui va descendre", explique Benjamin Davido, infectiologue à l'hôpital Raymond-Poincaré de Garches, sur franceinfo. "Si ce variant commençait à devenir prépondérant, on serait très embêtés pour avoir un contrôle durable du virus", ajoute-t-il.

Autre préoccupation : celle que le vaccin déployé ce samedi 26 décembre sur le territoire français n'agisse pas sur ce nouveau variant. Les scientifiques se veulent rassurant à ce sujet : le nouveau variant "ne semble pas plus résistant aux anticorps produits par les personnes infectées, et il est donc très probable que les vaccins disponibles actuellement seront efficaces pour empêcher sa propagation", a assuré Olivier Schwartz à franceinfo.