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Covid-19 : l'article à lire pour comprendre le nouveau variant du coronavirus qui sévit au Royaume-Uni

Ce variant du Sars-CoV-2, impliquant plusieurs mutations gĂ©nĂ©tiques, inquiète les autoritĂ©s sanitaires de nombreux pays. Elles craignent une contagiositĂ© accrue, bien qu'aucun lien direct ne soit Ă©tabli pour l'heure entre son Ă©mergence et l'accĂ©lĂ©ration des contaminations outre-Manche.

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France Télévisions
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Une famille fait son shopping de NoĂ«l Ă  Manchester, le 21 dĂ©cembre 2020, alors qu'un nouveau variant du coronavirus prolifère au Royaume-Uni depuis le mois de dĂ©cembre. (MI NEWS / NURPHOTO / AFP)

Vent de panique au Royaume-Uni, en Europe et Ă  l'Ă©chelle de la planète. Un nouveau variant du Sars-CoV-2, le coronavirus Ă  l'origine du Covid-19, a poussĂ© le Royaume-Uni Ă  se reconfiner de manière stricte, bousculant des fĂŞtes de fin d'annĂ©e dĂ©jĂ  chamboulĂ©es par la pandĂ©mie. NommĂ© "B.1.1.7" ou "VUI-202012/01" (pour Variant Under Investigation n° 1 du mois de dĂ©cembre 2020), il serait plus contagieux que la forme actuelle du virus. Franceinfo revient en dĂ©tail sur cette mutation et ses consĂ©quences.

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1"Variant", "mutation", "nouvelle souche"... Ă‡a veut dire quoi exactement ?

"Depuis qu’il est passĂ© Ă  l’homme, le virus s’adapte constamment Ă  son nouvel environnement", rappelle Ă  franceinfo Olivier Schwartz, responsable de l’unitĂ© virus et immunitĂ© Ă  l’Institut Pasteur. Autrement dit, il mute, comme tous les virus, Ă  l’instar de celui de la grippe. Le patrimoine gĂ©nĂ©tique du virus est constituĂ© d’une longue sĂ©quence d’ARN de 30 000 nuclĂ©otides, chacun symbolisĂ© par l'une des quatre lettres de l'alphabet gĂ©nĂ©tique (A, T, G, C). Lorsque le virus se rĂ©plique pour infecter de nouvelles cellules, ce patrimoine est reproduit, "comme une photocopie, illustre le scientifique, grâce Ă  des enzymes virales". "Ces enzymes font parfois des erreurs ponctuelles pendant la copie, en changeant une lettre pour une autre, crĂ©ant ainsi une mutation. D’autres erreurs peuvent se produire, par exemple des dĂ©lĂ©tions (disparition d’une ou quelques lettres) et le virus se modifie ainsi", explique-t-il. Comme si dans un livre contenant un total de 30 000 caractères, quelques lettres Ă©taient modifiĂ©es ou supprimĂ©es lors de sa reproduction.

"Le virus accumule un peu moins de deux mutations chaque mois, ce qui fait environ 22 depuis son apparition il y a environ un an. Le variant anglais, lui, présente plus de changements que la moyenne avec 17 mutations, non pas par rapport au virus originel, mais par rapport au variant le plus récent", note auprès de franceinfo Etienne Simon-Lorière, responsable du groupe de recherche génomique évolutive des virus à l’ARN à l'Institut Pasteur.

Les deux scientifiques de l’Institut Pasteur contactĂ©s par franceinfo parlent de "variant", et non de nouvelle "souche". "Car c’est toujours le mĂŞme virus", affirme Olivier Schwartz. "Parler de nouvelle souche aurait une connotation de divergence plus forte. Or, il n'y a que peu de mutations par rapport Ă  la taille du gĂ©nome (presque 30 000 nuclĂ©otides)", ajoute Etienne Simon-Lorière.

"Parler de variant est plus logique. Il n’y a qu’une seule souche du Sars-CoV-2 découverte jusqu'à présent."

Etienne Simon-Lorière, responsable d'unité à l'Institut Pasteur

Ă  franceinfo

2D'oĂą vient ce nouveau variant ?

Le consortium Covid-19 Genomics UK (COG-UK), qui s’occupe de la surveillance et du sĂ©quençage des mutations du Sars-CoV-2 au Royaume-Uni, a formellement nommĂ© ce variant le 13 dĂ©cembre. Et le ministre de la SantĂ© britannique, Matthew Hancock, l'a Ă©voquĂ© le 14 dĂ©cembre. Mais les premiers gĂ©nomes porteurs des mutations spĂ©cifiques Ă  ce lignage de virus (nommĂ© B.1.1.7) ont Ă©tĂ© identifiĂ©s dès le 20 septembre dans le Kent et le 21 septembre dans le Grand Londres, rapporte Le Monde.

Pourquoi une telle modification au Royaume-Uni ? Il est difficile Ă  ce stade d’émettre autre chose que des hypothèses. "Le hasard, avance Olivier Schwartz, a entraĂ®nĂ© l’apparition de ce variant, qui a pu ensuite ĂŞtre favorisĂ© grâce Ă  sa meilleure capacitĂ© Ă  se multiplier." Etienne Simon-Lorière Ă©voque la possibilitĂ© d'une "contamination d’une personne immuno-dĂ©primĂ©e chez qui le virus aurait Ă©normĂ©ment mutĂ© en raison du manque de dĂ©fenses immunitaires".

Il est Ă©galement impossible d'affirmer que cette nouvelle forme est nĂ©e au Royaume-Uni. Ce pays "est le leader mondial en matière de sĂ©quençage (...) Donc s'il existe un variant et qu'il arrive au Royaume-Uni, il a de bonnes chances d'y ĂŞtre dĂ©tectĂ©", note Emma Hodcroft, Ă©pidĂ©miologiste Ă  l'universitĂ© de Berne, citĂ©e par l'AFP. "MĂŞme s'il n'est pas nĂ© au Royaume-Uni, il semble bien qu'il y ait grandi. C'est en Angleterre qu'il s'est dĂ©veloppĂ©", assure toutefois la scientifique.

Sur les 17 mutations que compte le nouveau variant, celle qui intĂ©resse particulièrement les scientifiques est la "N501Y" car elle affecte la protĂ©ine Spike (spicule) qui se trouve Ă  la surface du Sars-CoV-2. Or, "la protĂ©ine Spike est la clĂ© qui permet au Sars-CoV-2 de pĂ©nĂ©trer dans nos cellules", explique l'Inserm. Ce n'est cependant pas la première mutation Ă  toucher la protĂ©ine Spike depuis le dĂ©but de l'Ă©pidĂ©mie : le variant le plus rĂ©pandu est porteur d'une mutation nommĂ©e "D614G", qui se situe aussi au niveau de cette protĂ©ine.

3Pourquoi cette mutation inquiète-t-elle autant ?

Le ministre de la SantĂ© britannique Matthew Hancock a tirĂ© la sonnette d’alarme, dimanche 20 dĂ©cembre, en estimant que ce variant Ă©tait "hors de contrĂ´le".

Le Premier ministre britannique Boris Johnson a Ă©voquĂ© une contagiositĂ© supĂ©rieure de 70%. Elle pourrait, selon lui, augmenter de 0,4 le taux de reproduction du virus. Le taux de reproduction (aussi appelĂ© "R effectif") est l'un des indicateurs Ă©troitement sur surveillĂ©s par les autoritĂ©s. En dessous de 1, il est synonyme de rĂ©gression de l'Ă©pidĂ©mie, tandis qu'au-dessus de 1, il signifie que l'Ă©pidĂ©mie gagne du terrain.

En France, depuis le dĂ©but de l'Ă©pidĂ©mie, le taux de reproduction n'est jamais descendu en dessous de 0,6, selon les chiffres du gouvernement. On comprend donc pourquoi une augmentation du R effectif de 0,4 point pourrait rendre l'Ă©pidĂ©mie très difficile Ă  maĂ®triser.

Boris Johnson a Ă©voquĂ© cette piste au conditionnel mais Chris Whitty, le conseiller mĂ©dical du gouvernement britannique, n'a pas cachĂ© les inquiĂ©tudes de nombreux scientifiques. "Le groupe consultatif sur les menaces nouvelles et Ă©mergentes des virus respiratoires [Nervtag] considère maintenant que ce nouveau variant peut se propager plus rapidement", a-t-il indiquĂ©.

4Ces craintes sont-elles justifiĂ©es ?

Ce catastrophisme a Ă©tĂ© nuancĂ© par le responsable des situations d'urgence sanitaire de l'OMS, Michael Ryan, le 21 dĂ©cembre. Pour lui, la situation "n’est pas hors de contrĂ´le".

Si les scientifiques s'accordent Ă  dire que ce nouveau variant est plus contagieux, aucun lien direct n'a encore Ă©tĂ© Ă©tabli entre son Ă©mergence et la hausse du nombre de contaminations outre-Manche. "Il semble que la pathologie provoquĂ©e par ce variant n’est pas plus grave que prĂ©cĂ©demment, tempère Olivier Schwartz. L’hypothèse la plus probable est que sa spicule est plus efficace pour permettre l’entrĂ©e du virus dans les cellules cibles".

"Les mutations peuvent apporter un avantage sélectif au virus. Il aura par exemple de meilleures capacités à se multiplier, et dans le cas présent d’être plus transmissible d’un individu à un autre."

Olivier Schwartz, responsable d'unité à l'Institut Pasteur

Ă  franceinfo

Comme le spĂ©cialiste de l’Institut Pasteur, plusieurs scientifiques outre-Manche restent prudents sur cette contagiositĂ© plus importante : "Les raisons de cette infectiositĂ© accrue ne sont pas encore claires. Nous devons encore savoir si elle est due Ă  une plus grande rĂ©plication virale ou Ă  une meilleure liaison avec les cellules qui tapissent le nez et les poumons", a expliquĂ© Peter Openshaw, professeur de mĂ©decine expĂ©rimentale Ă  l'Imperial College de Londres, dans le Science Media Center (en anglais), organisme spĂ©cialisĂ© sur les sujets scientifiques et techniques. Pour Mark Harris, professeur de virologie Ă  l'universitĂ© de Leeds, le gouvernement britannique pourrait se servir de ce variant comme d'un "Ă©cran de fumĂ©e" pour faire oublier un dĂ©confinement trop rapide, dĂ©but dĂ©cembre, Ă  Londres et dans le sud-est.

Autre hypothèse avancĂ©e : "Il faut savoir que cette rĂ©gion du sud-est de l'Angleterre avait Ă©tĂ© assez Ă©pargnĂ©e, l'immunitĂ© de groupe dans la population est donc faible et le virus a trouvĂ© un terrain pour se dĂ©velopper", explique Ă  l'AFP Vincent Enouf, le directeur adjoint du Centre national de rĂ©fĂ©rence des virus respiratoires de l'Institut Pasteur.

5Dans quels pays cette mutation a-t-elle Ă©tĂ© trouvĂ©e (pour l'instant) ?

Outre le Royaume-Uni, ce nouveau variant a dĂ©jĂ  Ă©tĂ© dĂ©tectĂ© en Italie, aux Pays-Bas, au Danemark, au BrĂ©sil ou encore en Australie. Pour ce dernier pays, il s'agit des premiers cas confirmĂ©s dans la rĂ©gion Asie-Pacifique. Les autoritĂ©s rĂ©gionales ont prĂ©cisĂ© qu'aucune personne en Australie n'avait Ă©tĂ© infectĂ©e par ce variant sur le sol australien. "Nous avons eu quelques voyageurs de retour du Royaume-Uni avec des mutations particulières", a dĂ©clarĂ© Kerry Chant, directeur de la santĂ© publique de la Nouvelle-Galles-du-Sud, l'Etat le plus peuplĂ© d'Australie.

La situation en Afrique du Sud est particulière. Le variant qui y circule est légèrement différent de celui qui a été détecté au Royaume-Uni et qui se propage à grande vitesse. Il en est toutefois très proche, rapporte Le Monde.

Avoir une idée précise de la propagation réelle du variant qui sévit au Royame-Uni s'avère impossible pour le moment. Les connaissances s'étoffent en continu, les identifications se font au fil des jours.

6Ce nouveau variant a-t-il Ă©tĂ© dĂ©tectĂ© en France ?

Pas encore, mais il s'y trouve peut-ĂŞtre dĂ©jĂ  de façon silencieuse. RĂ©gulièrement, "nous faisons des Ă©tudes gĂ©notypiques, c'est-Ă -dire que les scientifiques prennent des virus identifiĂ©s par PCR chez une certain nombre de malades, et font ce que l'on appelle un sĂ©quençage gĂ©nĂ©tique . Et donc ils sont tout Ă  fait capables de l'identifier", a expliquĂ© le ministre de la SantĂ©, Olivier VĂ©ran, lundi, sur Europe 1.

"Sur les derniers jours, 500 souches virales ont Ă©tĂ© identifiĂ©es, analysĂ©es", a dĂ©taillĂ© le ministre. "Ce variant n'a pas Ă©tĂ© retrouvĂ©" en France mais "cela ne veut pas dire qu'il ne circule pas" dans le pays, a-t-il soulignĂ©. "Nous le saurons."

Mais peut-ĂŞtre pas dans l'immĂ©diat. "Sur les quelque 240 000 sĂ©quençages dans le monde, quasiment la moitiĂ© vient du Royaume-Uni. Ce n’est pas aussi au point en France", relève Etienne Simon-Lorière, le chercheur de l'Institut Pasteur.

"Si le variant est présent dans notre pays, on ne le saura que dans quelques semaines."

Etienne Simon-Loriere

Ă  franceinfo

Ce variant est "dĂ©jĂ  chez nous", tranche pour sa part Jean-Daniel Lelièvre, chef de service des maladies infectieuses de l’HĂ´pital Henri-Mondor (Val-de-Marne), invitĂ© de franceinfo, mardi. Il invite Ă  "prendre des prĂ©cautions mais pas non plus Ă  affoler les foules". Dans ce contexte, Emmanuel Macron a appelĂ© Ă  "redoubler de vigilance" face Ă  cette "mutation problĂ©matique du virus, avec une forme beaucoup plus agressive".

7Quelles mesures ont Ă©tĂ© prises par le Royaume-Uni, en Europe et ailleurs dans le monde ?

Le Premier ministre britannique a annoncĂ©, dès le 19 dĂ©cembre, le reconfinement de Londres et du sud-est de l'Angleterre, face Ă  une montĂ©e en flèche des cas de contamination. Une mesure qui concerne quelque 16 millions d'habitants.

L'Organisation mondiale de la santĂ© (OMS) a appelĂ© ses membres en Europe Ă  "renforcer leurs contrĂ´les". Pour tenter de limiter la propagation de ce variant, plusieurs pays europĂ©ens ont annoncĂ© la suspension de leurs liaisons avec le Royaume-Uni. Parmi eux, la France, l'Allemagne, l'Italie, l'Espagne, l'Irlande, la Norvège, la Suède ou encore la Finlande. Au-delĂ  du continent europĂ©en, le Canada, l'Inde ou encore la Russie ont Ă©galement suspendu leurs liaisons aĂ©riennes avec le Royaume-Uni. Et la liste continue de s'allonger.

Le mystère qui entoure encore ce variant pousse les gouvernements Ă  prendre des mesures drastiques dans l'urgence : "Les scientifiques anglais se demandent si ce nouveau variant du virus pourrait ĂŞtre plus contagieux que les autres. Ils n'en ont pas de preuves. Mais dès lors que l'on se pose la question, vous comprenez que l'on prenne toutes les dispositions nĂ©cessaires", a justifiĂ© Olivier VĂ©ran, lundi. Mardi soir, le Premier ministre Jean Castex a annoncĂ© une "reprise limitĂ©e des flux de personnes du Royaume-Uni vers la France sous condition sanitaire de tests nĂ©gatifs, sensibles au variant" du coronavirus. Cela vaut pour "les Français et les ressortissants de l’Espace europĂ©en, les ressortissants britanniques ou de pays tiers qui rĂ©sident habituellement en France, dans l’Union europĂ©enne ou dans l’Espace europĂ©en".

Le gouvernement suisse a interdit l'accès de son territoire aux ressortissants étrangers en provenance du Royaume-Uni et d'Afrique du Sud. Berlin prépare également des restrictions de liaisons aériennes avec l'Afrique du Sud.

8Le vaccin est-il efficace face Ă  ce variant ?

Cette mutation nouvelle fait craindre le pire alors que la Commission europĂ©enne a autorisĂ© l’utilisation du vaccin Pfizer-BioNTech. LĂ  encore, les scientifiques se montrent plutĂ´t optimistes.

"Ce variant ne semble pas plus résistant aux anticorps produits par les personnes infectées, et il est donc très probable que les vaccins disponibles actuellement seront efficaces pour empêcher sa propagation."

Olivier Schwartz

Ă  franceinfo

"L'idée du vaccin est que la protéine Spike dans son ensemble est montrée à votre système immunitaire, et vous apprenez donc à en reconnaître de nombreuses parties différentes", détaille Emma Hodcroft. "Même si quelques parties changent, vous avez toujours toutes les autres parties pour reconnaître" le virus, affirme-t-elle.

Le professeur Jean-Daniel Lelièvre abonde dans ce sens : "Des rĂ©sultats qui datent de plusieurs semaines montrent que cette mutation n'impacte pas la rĂ©ponse immunitaire." "Pour le moment, il n'existe aucune preuve suggĂ©rant que ce vaccin ne soit pas efficace contre le nouveau variant", a rĂ©sumĂ© lundi Emer Cooke, la directrice gĂ©nĂ©rale de l'Agence europĂ©enne des mĂ©dicaments, qui a donnĂ© le feu vert au produit dĂ©veloppĂ© par Pfizer-BioNTech.

9Ce variant est-il dĂ©tectĂ© par les tests PCR ?

Olivier VĂ©ran a assurĂ©, lundi sur Europe 1, que le test PCR "reste tout aussi performant pour diagnostiquer ce variant du virus". L’OMS a toutefois Ă©mis des doutes sur "l’efficacitĂ© de certaines mĂ©thodes de diagnostic", sans davantage de prĂ©cision.

En effet, les tests PCR ne sont pas tous identiques. D'après les scientifiques britanniques, ce variant pourrait ĂŞtre "manquĂ©" par certains tests Ă  cause d'une mutation spĂ©cifique sur les 69e et 70e acides aminĂ©s de la protĂ©ine de spicule, note Le Monde. Cela pourrait donc engendrer un rĂ©sultat nĂ©gatif lors du dĂ©pistage.

Mais d'autres tests PCR visent au moins deux cibles génétiques du virus pour "s’affranchir du risque de non-détection en cas de mutation", explique à Heidi News le professeur Gilbert Greub, directeur de l’Institut de microbiologie du CHUV. "Heureusement, la plupart des laboratoires utilisent des kits avec deux ou trois cibles", assure à franceinfo Etienne Simon-Lorière, ce qui permet donc au nouveau variant d'être détecté malgré ces mutations.

10Je n'ai pas eu le temps de tout lire, pouvez-vous me faire un petit rĂ©sumĂ© ?

Un nouveau variant du virus a Ă©tĂ© dĂ©tectĂ© mi-septembre au Royaume-Uni. La hausse du nombre de cas de contaminations observĂ©e au dĂ©but du mois de dĂ©cembre a obligĂ© le gouvernement britannique a reconfinĂ© Londres et la partie sud-est du pays dès le 19 dĂ©cembre.

Les mutations sont courantes dans la famille des coronavirus. Celle-ci touche notamment la protĂ©ine Spike (spicule) du coronavirus. Elle se trouve Ă  la pointe du Sars-CoV-2 et c'est elle qui lui permet de s'attacher aux cellules humaines pour les pĂ©nĂ©trer et donc d’être plus transmissible d’un individu Ă  un autre. Il est difficile pour l’instant de savoir si ce variant a bien vu le jour outre-Manche puisque d’autres pays (Australie, Danemark, Pays-Bas, Italie) ont dĂ©tectĂ© des formes similaires. Une chose est sĂ»re, c’est au Royaume-Uni que ce variant s'est le plus propagĂ©.

Le gouvernement britannique estime qu'il est "hors de contrĂ´le". Une affirmation contredite par l’OMS et que les scientifiques prennent avec des pincettes. Pour l'instant, aucun lien direct n'a encore Ă©tĂ© Ă©tabli entre l'Ă©mergence du variant et la hausse du nombre de contaminations. Ce variant n’a pas encore Ă©tĂ© officiellement dĂ©tectĂ© en France, mĂŞme si "il est tout Ă  fait possible" qu’il y circule dĂ©jĂ , selon le ministre de la SantĂ©, Olivier VĂ©ran. Face Ă  cette menace, de nombreux pays ont suspendu les liaisons avec le Royaume-Uni. Alors que l’arrivĂ©e du vaccin est imminente, ce variant ne devrait pas altĂ©rer son efficacitĂ© et reste majoritairement dĂ©tectable grâce aux tests PCR.

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