Coronavirus : quatre questions sur l'évaluation des tests, éléments centraux du déconfinement

De nouveaux critères sont pris en compte pour évaluer la campagne de tests, dont le gouvernement a fait la pierre angulaire pour sortir de l'épidémie. Les autorités sanitaires devraient ainsi pouvoir réaliser un suivi plus fin de l'évolution de l'épidémie de coronavirus.

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Le CHU de Toulouse Purpan (Haute-Garonne) dépiste dans son laboratoire virologique le Covid-19 sur des tests PCR, le 20 mai 2020. (MATTHIEU RONDEL / HANS LUCAS)

Comment réussir le déconfinement et rester vigilant sur l'évolution de l'épidémie ? Si le gouvernement utilise plusieurs indicateurs afin d'établir la carte de France présidant les règles en vigueur contre le coronavirus, les autorités sanitaires ont mis en place des règles de vigilance plus complexes pour évaluer la circulation du virus. 

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Quels sont ces critères ? Pourquoi n'ont-ils pas été utilisés avant ? Franceinfo fait le point sur ces nouveaux indicateurs qui sont censées permettre de porter un regard plus précis sur l'évolution de l'épidémie au moment d'aborder la phase deux du déconfinement. 

1Quel sont les critères utilisés pour évaluer les tests ?

A partir de jeudi 28 mai, les autorités sanitaires vont s'appuyer sur trois nouveaux indicateurs : le nombre de tests de dépistage PCR effectués rapportés à la population, le nombre de tests positifs rapportés à la population et le taux de tests positifs, explique l'épidémiologiste Daniel Lévy-Bruhl, responsable de l'unité infections respiratoires et vaccination chez Santé publique France, au Figaro

Ces trois nouveaux indicateurs sont issus d'une base de données baptisée Sidep (système d'informations de dépistage). Elle "centralise tous les tests virologiques par RT-PCR effectués en France que ce soit dans les laboratoires publics ou privés, ambulatoires ou hospitaliers", détaille l'épidémiologiste. "Elle permet de s'assurer que tous les cas positifs sont bien pris en charge", indique par ailleurs le site du ministère de la Santé.

2Pourquoi ces données n'ont pas été prises en compte plus tôt ?

D'abord, parce que ces données n'existent que depuis quelques semaines. Avant le déconfinement, "nous n'avions pas d'indicateur fiable du nombre total de cas", constate Daniel Lévy-Bruhl. Les dépistages chez les patients présentant des symptômes du Covid-19 n'ont été systématisés que depuis le 11 mai. Auparavant, "on ne testait que les cas graves ou les plus à risques", note le scientifique.

Par ailleurs, la politique de tests et les capacités de dépistage ayant évolué ces derniers mois, les épidémiologistes ne disposaient pas d'une série de données homogènes. Enfin, les remontées de données en matière de dépistage étaient jusqu'à présent "extrêmement parcellaires, très peu mises à jour", note Antoine Flahault, épidémiologiste et directeur de l'Institut de santé globale de l'Université de Genève (Suisse), auprès de BFMTV.

Il n'y avait enfin pas de remontée quotidienne exhaustive des résultats

Daniel Lévy-Bruhl

au Figaro

Les données journalières n'incluaient pas l'ensemble des laboratoires de ville. Quant aux hôpitaux, "les agences régionales de santé nous faisaient remonter le nombre de tests positifs de façon souvent hebdomadaire", rapporte Daniel Lévy-Bruhl. Pour l'heure, le tableau de bord de suivi de l'épidémie mis en ligne par le gouvernement ne recense que les tests réalisés en laboratoires de ville. De son côté, la Direction générale de la santé (DGS) communique depuis mercredi sur le taux de tests positifs. "La première publication des résultats du système d'information de dépistage (Sidep) fait apparaître un taux de positivité des tests de 2,3%", indiquait la DGS dans son point de situation quotidien. Lors des annonces du gouvernement sur la deuxième phase du déconfinement, le ministre de la Santé, Olivier Véran, a quant à lui affirmé que ce taux de positivité est de 1,9%.

Pour effectuer le suivi épidémique, les autorités sanitaires utilisaient donc des données moins robustes, basées sur des présomptions d'infections comme les consultations en médecine générale, le nombre d'actes SOS médecins ou le taux de passage aux urgences pour suspicion de Covid-19. Concernant le nombre quotidien d'hospitalisations et d'admissions en réanimation, indicateurs plus solides, ces données arrivent plus tardivement, une à deux semaines après le moment de l'infection. "Nous avions un décalage temporel significatif", note Daniel Lévy-Bruhl

3Que peuvent révéler ces indicateurs?

Santé publique France estime que le taux de positivité des tests PCR doit constituer "le meilleur indicateur pour suivre le risque épidémique de Covid-19" sur l'ensemble du territoire. "Cela nous permettra de suivre l'évolution de l'épidémie plus finement et plus précocement", détaille Daniel Lévy-Bruhl.

En effet, ces nouveaux indicateurs seront calculés à l'échelle départementale, précise l'épidémiologiste. Parmi les critères retenus pour établir la première carte du déconfinement, dévoilée le 7 mai, seule la proportion de passages aux urgences pour une suspicion de Covid-19 était donnée pour chaque département. Les capacités hospitalières en réanimation sont, elles, considérées à l'échelle régionale. Quant aux capacités de tests, le gouvernement n'a pas dévoilé sa méthode de calcul

Outre une meilleure connaissance de la circulation du virus, les tests doivent aussi permettre de "dépister et trouver tous les petits foyers d'épidémie qui sont susceptibles de se rallumer, comme on le faisait avant la phase épidémique où on essayait d'éteindre au maximum les incendies", juge Jacques Battistoni, président du syndicat des médecins généralistes MG France, sur BFMTV.

4A quelle fréquence seront-ils communiqués ?

"Nous aurons donc chaque jour le chiffre du jour et un chiffre calculé sur les sept jours précédents", détaille Daniel Lévy-Bruhl. Cette moyenne glissante sur sept jours tiendra ainsi compte de "l'effet week-end" où les données sont habituellement moins élevées, du fait des remontées partielles des informations durant les deux derniers jours de la semaine. Ce lissage doit permettre d'obtenir "une photographie assez fiable, précoce et exhaustive de la situation", ajoute l'épidémiologiste.

Depuis plusieurs jours, la DGS communique d'ailleurs les chiffres quotidiens de l'épidémie, en établissant une comparaison avec la situation constatée sept jours auparavant. La lecture des variations quotidiennes étant souvent trompeuse, comme c'est le cas pour le nombre de décès liés au Covid-19.

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