Covid-19 : ce que l'on sait (et ce que l'on ignore encore) du variant Omicron qui inquiète la planète

Beaucoup de craintes et très peu de certitudes. Le nouveau variant Omicron, signalé fin novembre par l'Afrique du Sud, mobilise virologues et chercheurs du monde entier pour tenter de comprendre son fonctionnement et son impact potentiel sur la pandémie de Covid-19. Des cas de ce variant ont été signalés dans 38 pays du monde, selon l'OMS. En Europe, il a été identifié dans 17 pays, d'après les derniers chiffres, publiés dimanche 5  décembre, par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (en anglais). Plusieurs pays, dont la France, ont déjà pris des mesures pour tenter de limiter sa propagation sur leur territoire.

Origine, contagiosité, dangerosité... Franceinfo fait le point sur ce que l'on sait et surtout sur ce qu'on ignore encore de ce variant.

Ce que l'on sait

Il a été signalé pour la première fois par l'Afrique du Sud. Le variant a "été signalé pour la première fois à l'OMS en Afrique du Sud le 24 novembre", explique l'instance onusienne. Le premier cas confirmé en laboratoire dans le pays a été identifié dans un échantillon prélevé le 9 novembre. "Il tourne probablement en Afrique du Sud (...) depuis plus longtemps qu'on ne le pensait, depuis début octobre", a de son côté expliqué mercredi le président du Conseil scientifique, Jean-François Delfraissy, devant les députés.

En Europe, des cas ont été recensés dans 17 pays. En Europe, il a été identifié dans 17 pays différents, d'après les derniers chiffres, publiés dimanche 5 décembre, par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (en anglais). L'organisme faisait alors état de 182 cas, mais le Danemark a annoncé quelques heures plus tard, un bond "préoccupant" à 183 cas confirmés de variant Omicron dans le pays. En France, seize cas d'infection au variant Omicron ont été confirmés, selon le dernier bilan actualisé samedi par Santé publique France.

Il présente plus de mutations que le variant Delta. Une première "image" tridimensionnelle de ce nouveau variant a été réalisée et publiée le 27 novembre par l'hôpital Bambino Gesù de Rome. Elle permet de montrer "que le variant Omicron présente beaucoup plus de mutations que le variant Delta", a expliqué l'équipe de chercheurs. Il comporte notamment une trentaine de mutations dans la protéine "spike", clé d'entrée du virus dans l'organisme. Certaines étaient présentes dans des variants connus, d'autres non. "Cela ne signifie pas automatiquement que ces variations sont plus dangereuses, simplement que le virus s'est encore adapté à l'espèce humaine en générant un autre variant", précisent les chercheurs.

Prima foto al mondo della variante #Omicron realizzata nell'area di ricerca di Medicina Multimodale del Bambino Gesù. Mostra la struttura della proteina spike della variante Omicron a destra e Delta a sinistra rispetto alla spike originale SARS CoV-2 #ANSA https://t.co/PtV3nk137S

— Agenzia ANSA (@Agenzia_Ansa) November 27, 2021

Il a été classé "préoccupant" par l'OMS. Ce nouveau variant est suivi "de près" par l'OMS qui l'a classé "préoccupant" le 26 novembre, notamment à cause de son grand nombre de mutations. Quatre autres variants appartiennent à cette catégorie : Delta, qui représente la quasi-totalité des cas séquencés dans le monde, Alpha, Beta et Gamma. C'est également l'OMS qui a nommé ce variant "Omicron", initialement baptisé B.1.1.529.

Ce que l'on ignore encore

Son niveau de transmission. Même si le variant Omicron possède un grand nombre de mutations, il est pour l'heure difficile de savoir si celles-ci pourront ou non lui conférer un avantage en termes de contagiosité. Des études épidémiologiques sont en cours pour comprendre si la hausse du nombre de personnes testées positives observée en Afrique du Sud est liée au variant, souligne l'OMS sur son site*. Des données préliminaires sud-africaines, qui n'ont pas encore fait l'objet d'une relecture scientifique, avancent qu'Omicron pourrait être deux fois plus contagieux que Delta, rapporte le New York Times* (article abonnés). Interrogé sur ces éléments, le virologue Bruno Lina estime toutefois qu'il est "impossible de générer aussi rapidement des données robustes".

Dans les colonnes du Journal du dimanche (article abonnés), le scientifique ajoute qu'il ne "suffit pas" de scruter la situation en Afrique du Sud pour déterminer la transmissibilité d'Omicron. "On dispose pour seuls éléments ce qui s'est passé en Afrique du Sud, mais au creux d'une vague et pas dans un contexte de forte présence du variant Delta comme en France", complète l'épidémiologiste Renaud Piarroux auprès du Parisien (article abonnés). "Un élément important sera d'observer comment il va se comporter par rapport à Delta, notamment en Europe où ce virus flambe", poursuit Bruno Lina.

S'il va supplanter ou non Delta. La capacité du variant Omicron à supplanter ou non Delta dépendra donc notamment de sa contagiosité. Pour l'heure, dans la grande compétition entre variants, Delta est quasi hégémonique dans le monde. Les variants qui sont apparus ces derniers mois, comme Mu ou Lambda, n'ont pas réussi à lui ravir la première place. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies a estimé jeudi qu'Omicron pourrait devenir majoritaire en Europe "dans les tout prochains mois". Mais ces prévisions se basent sur des données très préliminaires, qui peuvent évoluer.

Sa virulence. L'une des grandes inconnues reste la dangerosité d'Omicron, sa capacité à engendrer ou non des formes plus sévères du Covid-19. Or, Omicron a été détecté trop récemment pour donner le temps aux experts de déterminer cliniquement la gravité des cas. Les premiers cas en Afrique du Sud ont été observés dans une population jeune, donc moins susceptible de développer des formes sévères, pointe l'OMS.

L'instance onusienne ajoute que les données préliminaires suggèrent "une augmentation des taux d'hospitalisation en Afrique du Sud, mais elle pourrait être liée à une hausse du nombre global de personnes infectées, plutôt qu'à une infection spécifique par Omicron". Pour l'heure, aucun décès lié à Omicron n'a été signalé auprès de l'OMS. "Même s'il est trop tôt pour tirer des conclusions", Anthony Fauci, conseiller américain sur la crise sanitaire, a jugé dimanche que "les signaux concernant la gravité [étaient] un peu encourageants".

L'efficacité des vaccins sur ce variant. Là encore, il est trop tôt pour dire si Omicron sera plus résistant aux vaccins existants. De premiers éléments de réponse sont attendus "à partir de la fin de la semaine prochaine", explique Anne-Claude Crémieux au Parisien. "Une dizaine d'excellentes équipes dans le monde sont en train de regarder en laboratoire si du sérum de personnes doublement, triplement vaccinées ou rétablies est capable de neutraliser le nouveau variant", spécialiste des maladies infectieuses à l'hôpital Saint-Louis à Paris. Mais il faudra encore plusieurs semaines pour recueillir des données en vie réelle.

De leur côté, les laboratoires Pfizer, Johnson & Johnson et Moderna assurent qu'ils ont commencé à travailler sur de nouvelles versions de leurs vaccins ciblant plus spécifiquement Omicron.

*Ces liens renvoient vers des contenus en anglais