Coronavirus : est-il vrai que Marseille "n'a pas le même Covid" que Paris, comme l'affirme Samia Ghali ?

"On n'a pas le même Covid à Marseille qu'à Lyon, Paris ou Toulouse", a affirmé Samia Ghali, mardi 6 octobre sur LCI. "Il y a des spécificités", a même insisté la deuxième adjointe à la mairie de Marseille (Bouches-du-Rhône). Cette "situation" plaide, selon elle, en faveur de la création d'un conseil scientifique marseillais, dont le rôle sera de faire des "préconisations" au Conseil scientifique national à Paris. 

Contacté par franceinfo, l'entourage de Samia Ghali a apporté la précision suivante, jeudi 8 octobre, après la première publication de cet article : "Son propos sur LCI a peut-être été mal compris. Ce que Samia Ghali expliquait, c'est que s'agissant des protocoles ou des restrictions en matière de Covid-19 les règles n'étaient pas les mêmes entre Marseille et Paris."

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Le coronavirus qui sévit dans la deuxième ville de France serait-il donc différent de celui qui frappe la capitale ? L'épidémie de Covid-19 a-t-elle des particularités régionales ? 

➡@SamiaGhali sur le #Covid19 :

"Il y a des spécificités : on n'a pas le même covid à Marseille qu'à Paris (...) Je dis juste que localement, peut-être qu'on pourrait nous aussi proposer en fonction de notre situation des préconisations à l'État"

#CDLT avec @MAMELIYI pic.twitter.com/2BboaGHsoj

— LCI (@LCI) October 6, 2020

Les propos de Samia Ghali font écho aux récentes déclarations du professeur Didier Raoult sur les mutations du virus. Le directeur de l'IHU de Marseille a ainsi exposé, mardi sur CNews, qu'il observait non pas une épidémie de coronavirus, mais "des mini-épidémies avec plusieurs variants". "On a l'impression, en plus, que ces variants n'ont pas la même sévérité", a-t-il ajouté. Le variant 1, "qui circulait en juillet-août", avait "une sévérité moindre", qui se traduisait par "moins d'hospitalisations, moins de réanimations, moins de morts", a théorisé Didier Raoult. Le variant 4, qui se propagerait actuellement, ne serait "pas aussi banal ni aussi bénin", selon lui.

Pr Didier Raoult, directeur de l'IHU Méditerranée Infection, sur la situation épidémique à Marseille : «On était sur la pente d'une petite diminution et là, il y a une petite réaugmentation» dans #LaMatinale pic.twitter.com/z1wNX4DsaW

— CNEWS (@CNEWS) October 6, 2020

Le Sars-CoV-2 n'a cessé de muter depuis son apparition en janvier. Les scientifiques du monde entier documentent ses évolutions. Ils tiennent un arbre généalogique qui permet de retracer les liens de parenté entre les différentes variantes du virus. Ils suivent aussi leur circulation à travers le monde sur une planisphère. Ces travaux sont consultables sur le site internet Nextstrain (en anglais). Mais les experts interrogés par franceinfo invitent à ne pas tirer de conclusions hâtives de ces mutations virales.

Thanks to #opendata sharing by @institutpasteur @CovidGenomicsUK @GSTTnhs @TanjaStadler_CH @ETH @ETH_BSSE @INMISpallanzani & @GISAID, we have new #SARSCoV2 #COVID-19 sequences from France, United Kingdom, Switzerland, Italy! pic.twitter.com/kYQ51M6MJS

— Nextstrain (@nextstrain) September 30, 2020

"Une diversité de virus qui circulent à Marseille"

"Ce n'est pas une spécificité marseillaise. La nature de ce virus est de muter. Il est donc normal qu'on observe des mutations", rappelle Etienne Decroly, directeur de recherche du CNRS à l'université d'Aix-Marseille. "Le virus acquiert en moyenne deux mutations chaque mois et cela s'accumule doucement dans les différents lignages du virus, mais cela reste une toute petite variabilité, insiste Etienne Simon-Lorière, qui dirige une équipe de recherche à l'institut Pasteur spécialisée dans l'analyse de l'évolution du génome des virus. Si on compare le virus qu'on avait en janvier au virus qu'on trouve aujourd'hui, il y a 17 à 18 changements, une vingtaine dans certains cas et c'est tout. C'est ridiculement petit par rapport à la taille de son génome. Pour nous ça ne change rien : c'est le même virus qui était là en février-mars et qui continue à circuler depuis."

Le virus mute au gré des transmissions, en contaminant de nouveaux organismes, et ces variantes mutées voyagent à travers le monde via leurs hôtes infectés, explique Etienne Decroly. "On voit qu'il y a une diversité de virus qui circulent à Marseille, comme dans plein d'autres endroits en France, en Europe et dans le monde entier. Mais ce sont les mêmes variantes qui circulent en Europe et aux Amériques", pointe Etienne Simon-Lorière.

"Pas d'indications de virus qui seraient plus ou moins virulents localement"

A chaque nouvelle apparition d'une mutation du virus, les chercheurs analysent son code génétique afin de déterminer si ces variations pourraient avoir un effet, explique Etienne Simon-Lorière. Ainsi, "à Singapour, pendant quelques jours, un variant moins virulent avait circulé, mais il ne s'était pas propagé", rappelle-t-il. Depuis, "on n'a pas d'indications de virus qui seraient plus ou moins virulents localement", constate le chercheur, dubitatif quant aux déclarations de Didier Raoult. "A part s'ils ont des données qui seraient locales et qu'ils n'auraient pas partagées", glisse-t-il. "Il y a des discussions, mais il n'y a pas de démonstration, pas d'indications", tranche Etienne Decroly.

Jusqu'à présent, une seule mutation a vraiment attiré l'attention des scientifiques. "Cette mutation est bien documentée et solutionnée depuis mars. Elle se transmet mieux, ce qui explique qu'elle soit devenue majoritaire. Mais si elle a probablement augmenté la transmissibilité du virus, il n'y a pas d'indications qu'elle l'ait rendu plus virulent", tempère Etienne Decroly. "Ce variant plus transmissible est le virus qu'on a retrouvé très majoritairement en Europe. En France on n'a vu que celui-là, d'ailleurs", insiste Etienne Simon-Lorière.

Il n'y a pas de situation particulièrement différente à Marseille, à Paris ou ailleurs. Il n'y a pas de situation de Marseille contre Paris. 

Etienne Decroly, directeur de recherche du CNRS à l'université d'Aix-Marseille

à franceinfo

"Je n'ai vu aucune donnée qui allait dans le sens qu'il y avait des particularités géographiques, même mondiales, abonde Dominique Costagliola, directrice adjointe de l'Institut Pierre-Louis d'épidémiologie et de santé publique. Il n'y a, à ma connaissance, aucun article dans la littérature scientifique qui documente une corrélation entre des mutations présentes ou non dans un virus et le fait que des gens qui sont atteints d'un virus qui porte ces mutations aient une forme d'évolution différente."

S'il y a des "spécificités" à la situation sanitaire marseillaise, elles seraient plutôt à chercher en dehors de la microbiologie, estime l'épidémiologiste. La densité importante de la population, la moyenne d'âge élevée des habitants, leur faible niveau de vie, la présence d'inégalités sociales sont autant de facteurs qui peuvent aggraver une épidémie, en augmentant le risque d'infection et de contamination. Mais "quand on regarde les caractéristiques des gens infectés et lesquelles, chez ceux-là, sont liées à un devenir plus ou moins grave, on trouve essentiellement l'âge, le sexe dans une moindre mesure et les comorbidités, qui expliquent d'ailleurs la différence entre hommes et femmes", rappelle l'experte, membre de l'Académie des sciences.

Comparaison n'est pas raison

Dominique Costagliola met en garde contre cette envie de tout comparer : "Ces comparaisons sont assez complexes à faire ; beaucoup de facteurs entrent en compte". L'évolution de l'épidémie dans l'Hexagone se lit au travers des rapports de Santé publique France. Mais leur niveau de précision est au mieux régional ou départemental. Il est difficile d'avoir des chiffres et des statistiques précis à l'échelle municipale, même pour des grandes villes comme Lyon, Marseille, Paris ou Toulouse. Dans ces métropoles, les hôpitaux prennent en charge, en outre, des patients venant d'autres communes du même département ou de la même région. Par conséquent, le nombre ou l'état de santé de ces malades renseignent certes sur la situation sanitaire d'une ville, mais aussi sur celle des villes environnantes. 

La région Provence-Alpes-Côte d'Azur est ainsi celle qui compte le plus de nouvelles hospitalisations (1,62 pour 100 000 habitants, le 6 octobre, jour des déclarations de Samia Ghali), juste devant l'Ile-de-France (1,58). Viennent ensuite Auvergne-Rhône-Alpes (1,11), Hauts-de-France (0,99) et Occitanie (0,83). Les admissions en réanimation sont en revanche un peu plus nombreuses en Ile-de-France (0,33 pour 100 000 habitants, au 6 octobre) qu'en Paca (0,28). L'écart est plus faible entre Hauts-de-France (0,23), Occitanie (0,20) et Auvergne-Rhône-Alpes (0,19). La géographie du facteur de reproduction de la maladie est un peu différente. Ce R effectif correspond au nombre moyen de personnes infectées par un cas et permet de suivre la dynamique de transmission du virus. C'est en Auvergne-Rhône-Alpes que le R est le plus élevé (1,09). Il est de 1,05 en Bourgogne-France-Comté et dans les Pays de la Loire. De 1,03 en Bretagne et dans les Hauts-de-France. Et de 1,02 en Ile-de-France. Paca est la région où le R est le plus faible (0,85), juste après la Corse (0,77). 

Au niveau départemental, c'est à Paris que le taux d'incidence – le nombre de patients positifs au Sars-CoV-2 rapporté à l'ensemble de la population – est le plus élevé : 256 pour 100 000 habitants. Dans le Rhône, il atteint 220 et même 255 à Lyon. Il est de 203 dans le Nord comme en Haute-Garonne et de 192 dans les Bouches-du-Rhône. Au vu de ces éléments, il est impossible de conclure que le virus y est différent de celui qui circule à Paris, Lyon ou encore Toulouse et d'estimer la part des "spécificités" marseillaises dans l'évolution de l'épidémie.