PCR, antigénique, salivaire, autotest... Quelle est la fiabilité des tests de dépistage du Covid-19 et lequel choisir ?

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La file d'attente devant une tente de dépistage du Covid-19 installée par une pharmacie, à Paris, le 2 décembre 2021. (MAGALI COHEN / HANS LUCAS / AFP)

Les tests PCR présentent le risque d'erreur le plus faible. Mais des alternatives existent, notamment si l'objectif est simplement de se rassurer avant les réunions familiales ou le retour en classe.

Avez-vous le Covid-19 ? La cinquième vague épidémique, marquée par l'explosion du nombre de contaminations en France, ainsi que les protocoles de l'Education nationale pour la rentrée scolaire de janvier 2022, ont remis les tests au cœur de notre quotidien. Mais il n'est pas toujours facile de savoir quel test choisir selon sa situation entre les PCR, les antigéniques et les autotests, d'autant que toutes les méthodes ne donnent pas les mêmes résultats. Franceinfo vous aide à y voir plus clair.

Les tests PCR nasopharyngés

En quoi consistent-ils ? Premiers disponibles en France, les tests PCR sont devenus familiers. Le terme PCR désigne la façon dont le prélèvement est analysé, avec pour principe d'y rechercher des traces de l'ARN du virus. Cette analyse ne peut être effectuée qu'en laboratoire et obtenir un résultat prend plusieurs heures. Les tests PCR nasopharyngés, les plus pratiqués, sont ceux pour lesquels un échantillon de mucus est prélevé avec un écouvillon enfoncé jusqu'au nasopharynx, une cavité située derrière la narine. Il existe d'autres tests PCR, abordés plus loin dans cet article.

Quels sont les risques d'erreurs ? La probabilité de faux négatifs ou de faux positifs est "quasi nulle", explique à franceinfo Vincent Enouf, responsable adjoint du Centre national de référence des virus des infections respiratoires, qui était chargé au début de la pandémie d'évaluer la fiabilité des tests. "Aujourd'hui, en RT-PCR, on a des méthodes très sensibles", la sensibilité étant la capacité d'un test à détecter le virus.

En février, dans une synthèse des résultats de plusieurs études, la Haute Autorité de santé estimait à 92% la sensibilité moyenne des tests PCR nasopharyngés. Les erreurs peuvent être liées à des ratés dans le prélèvement ou la manipulation des échantillons. Sylvie Behillil, également responsable adjointe du CNR, explique que le résultat dépend du stade de l'infection ("si on est à la fin et qu'il ne reste plus beaucoup de virus, peut-être qu'on ne trouvera rien") et de la localisation des symptômes ("chez quelqu'un qui a des symptômes respiratoires, on trouvera plus facilement le virus dans le nasopharynx").

Les faux négatifs ne sont pas toujours graves, nuancent aussi les virologues, qui estiment que la sensibilité de certains tests est peut-être excessive. "Si on est dans la zone grise" où le test risquerait d'être négatif à tort, "cela veut dire que la charge virale du patient est très faible". Dans ce cas, qu'il soit positif ou non, ses chances de transmettre le virus sont minces, rappelle Vincent Enouf.

L'apparition de nouveaux variants peut théoriquement affecter la fiabilité des tests PCR. Mais tout montre que le variant Omicron reste détecté. Lors de l'analyse PCR, des séquences spécifiques du génome du virus sont recherchées, et elles peuvent ne pas être reconnues si elles ont muté. Chez le variant Omicron, c'est le cas d'une séquence recherchée par certains tests. Mais ces derniers détectent toujours les autres séquences : pas de risque, donc, que cela affecte le dépistage. C'est notamment la conclusion d'une étude préliminaire de FIND, un organisme international qui oeuvre pour le développement d'outils de diagnostic. Plus généralement, "chaque fabricant doit vérifier que son test fonctionne sur les nouveaux variants", explique Sylvie Behillil, qui assure qu'un éventuel problème ferait l'objet d'une information aux professionnels de santé.

Dans quel cas les utiliser ? La HAS les conseille dans toutes les situations où vous avez le choix. Il est notamment le seul test recommandé en cas de symptômes durant depuis au moins cinq jours et le seul accepté avant une opération chirurgicale. Les résultats positifs des autres types de tests doivent être confirmés par un test PCR.

En revanche, l'analyse peut demander une voire plusieurs journées. Cela complique son utilisation pour les personnes non-vaccinées ayant besoin d'un pass sanitaire valide, seuls les tests de moins de 24 heures y donnant droit. Les tests PCR coûtent aussi plus cher quand ils ne sont pas remboursés et ils ne sont pas proposés en pharmacie.

Les tests antigéniques nasopharyngés

En quoi consistent-ils ? Ils reposent sur une autre méthode : déposer l'échantillon prélevé sur une bande qui réagit à certaines protéines produites par le virus dans l'organisme. Comme pour les PCR, les tests antigéniques les plus courants sont nasopharyngés. A la manière d'un test de grossesse, l'apparition de barres sur le test indique en quelques minutes s'il est positif ou négatif, sans davantage de détail. Les test antigéniques les plus courants sont nasopharyngés.

Quels sont les risques d'erreurs ? La commercialisation des tests antigéniques en France est soumise à une règle, découlant d'un avis de la HAS en septembre 2020 : "Les tests antigéniques doivent présenter une sensibilité et une spécificité minimales de 80% et 99% respectivement." Ce qui correspond à un risque de 1 sur 5 de résultat faussement négatif et un risque de 1 sur 100 de résultat faussement positif (la spécificité mesure la capacité du test à ne pas confondre le Sars-CoV-2 avec un autre virus). Pour que leurs tests antigéniques soient vendus en France, les fabricants doivent attester auprès de l'Agence nationale de sécurité du médicament qu'ils respectent ces deux seuils.

Ces valeurs théoriques varient cependant selon les circonstances. En novembre 2020, la HAS retenait trois études, faites sur un même modèle de test, pour évaluer la sensibilité des antigéniques. Les résultats variaient beaucoup, de 33% à 79% chez les personnes asymptomatiques, contre 67% à 92% chez celles qui ont des symptômes. Le dépistage est aussi plus fiable si les symptômes sont apparus depuis moins de cinq jours. "La fenêtre de détection est moins grande avec un antigénique qu'avec un PCR", résume Vincent Enouf.

Le dépistage antigénique peut théoriquement être affecté par les variants, si ceux-ci présentent des mutations sur la protéine recherchée par le test. Ce n'est pas le cas du variant Omicron, dont les mutations touchent la protéine Spike  déterminante dans la contamination, mais qui n'est pas celle que recherchent les tests antigéniques. Ceux-ci "devraient toujours détecter le variant", rassurait la fondation FIND après une étude préliminaire le 29 novembre. Prudence toutefois, car l'Agence américaine des médicaments (FDA) a prévenu dans un communiqué (en anglais) datant du 28 décembre que les tests antigéniques souffrent d'une "sensibilité réduite" au variant Omicron, d'après de nouvelles données. 

Dans quel cas les utiliser ? Les tests antigéniques nasopharyngés sont recommandés par la HAS, au même titre que les PCR, pour les personnes symptomatiques depuis moins de cinq jours. C'est aussi le type de test recommandé si vous êtes cas contact et ne présentez pas de symptômes. Il est plus rapide et facile d'accès, mais tout résultat positif doit être confirmé par un test PCR.

Les autotests

En quoi consistent-ils ? Les autotests sont des tests antigéniques. Mais, comme leur nom l'indique, les autotests fonctionnent avec un prélèvement fait par l'utilisateur lui-même, à l'aide d'un écouvillon enfoncé moins loin dans la narine. Il s'agit donc d'un test nasal, pas d'un test nasopharyngé.

Quels sont les risques d'erreurs ? La règle imposée aux tests antigéniques en France s'applique aussi aux autotests : pour être commercialisés, ils doivent dépasser 80% de sensibilité et 99% de spécificité. Mais les autotests ne sont pas administrés par des professionnels formés. Le risque d'une erreur de manipulation est ainsi plus important. Les études sur leur fiabilité dans la vie réelle sont aussi plus rares. La HAS n'en cite qu'une, dans un avis du 6 août : elle conclut à une sensibilité égale à celle des tests antigéniques, mais ne porte que sur des autotests réalisés "sous la supervision d'un professionnel de santé".

Ce n'est d'ailleurs que quand ils sont supervisés que les autotests permettent d'obtenir un pass sanitaire valide. Sur son site, le gouvernement est très prudent sur la valeur de leurs résultats, jugeant leur fiabilité "limitée". Il explique néanmoins que réaliser des autotests de manière répétée "permet d'augmenter leur fiabilité" – les chances de passer à côté du virus sont plus minces si l'on s'y reprend plusieurs fois.

Puisqu'il s'agit de tests antigéniques, les autotests sont également concernés par la mise en garde (évoquée plus haut) de l'Agence américaine des médicaments datée du 28 décembre, qui juge leur sensibilité "réduite" face au variant Omicron – ce qui augmente davantage le risque de faux négatif.

Dans quel cas les utiliser ? Jamais quand vous avez des symptômes. Ils ne sont pas non plus conseillés pour les cas contacts. La HAS le recommande pour les personnes qui n'ont pas de raison de se penser contaminées, par exemple avant une réunion de famille, comme l'explique le Conseil scientifique. Il peut être réalisé, de façon supervisée, en pharmacie ou à l'entrée d'un lieu demandant le pass sanitaire, pour obtenir ce sésame. S'il est négatif, il ne doit pas pour autant faire oublier les gestes barrières.

Les autotests servent aussi aux campagnes de dépistage massives, notamment pour les personnes travaillant avec un public âgé et dans l'Education nationale, où ils sont distribués à tous les élèves de 6e. Par ailleurs, à compter du 3 janvier, si un cas positif au Covid-19 est détecté dans une classe de primaire, tous les élèves de la classe devront faire trois tests en quatre jours. Le premier test négatif leur permettra de revenir en classe. "Ce qui change, c'est que désormais, quand la famille fera le premier test, elle recevra en pharmacie deux autotests gratuits, pour que les élèves se testent à nouveau à la maison à J + 2 et à J + 4", a précisé le ministre Jean-Michel Blanquer dans les colonnes du Parisien.

Il existe également des tests par prélèvement nasal fonctionnant comme les autotests, mais administrés par un professionnel. La HAS considère que leur fiabilité est comparable aux tests antigéniques classiques. Elle ne les recommande que comme une alternative à ceux-ci quand le prélèvement nasopharyngé est "difficile ou impossible".

Les tests oropharyngés

En quoi consistent-ils ? Ils diffèrent des tests nasopharyngés par le lieu du prélèvement, qui ne se trouve pas derrière la narine, mais dans une zone du fond de la gorge, l'oropharynx. Ils peuvent aussi bien être des tests antigéniques que PCR.

Quels sont les risques d'erreurs ? Dans son avis favorable à leur utilisation, en septembre 2020, la HAS décrivait leurs résultats comme "acceptables", mais ne livrait aucune donnée. Un moins plus tôt, le Haut Conseil de santé publique citait, dans son propre avis favorable, une étude (en anglais) sur des individus ayant subi un prélèvement oropharyngé et un prélèvement nasopharyngé : une fois analysés par PCR, les deux donnaient le même résultat dans 76% des cas, et 85,2% chez les personnes positives.

Le prélèvement par la bouche a un inconvénient, relevé par Vincent Enouf : la salive contient "énormément d'inhibiteurs" de la réaction utilisée lors des analyses par PCR. Les kits d'extraction des échantillons, de qualité variable, permettent d'en filtrer une part plus ou moins grande, ce dont peut dépendre la fiabilité du résultat. Quoi qu'il en soit, "si un prélèvement est très chargé en virus, on détectera quand même quelque chose à chaque fois", rassure-t-il.

Dans quel cas les utiliser ? La HAS ne les recommande que dans le cadre du dépistage de masse ou le test des cas contacts asymptomatiques, pour des personnes pour lesquelles les tests nasopharyngés sont plus difficiles : "jeunes enfants, patients très âgés, patients ayant des troubles psychiatriques, personne ayant une déviation nasale..." Un bémol cependant, le prélèvement au fond de la gorge peut déclencher un "réflexe nauséeux" pas très agréable.

Les tests salivaires

En quoi consistent-ils ? Il s'agit de saliver dans un tube dont le contenu est ensuite analysé. Le prélèvement est donc réalisé sans l'intervention d'un professionnel et sans écouvillon. Il existe des tests salivaires PCR et des tests par "amplification isothermique" (aussi appelés RT-Lamp), une technique qui donne des résultats en moins d'une heure.

Quels sont les risques d'erreurs ? Selon un avis de la HAS en février 2021, les tests salivaires par PCR ont une sensibilité de 85% contre 92% pour les PCR nasopharyngés. Le risque de faux négatif est donc supérieur, mais reste estimé à "moins de 5% des sujets testés".

Les tests rapides RT-Lamp "présentent des résultats très hétérogènes variant de 30% à 90%, sans véritable explication", alertait la HAS en juillet dernier. Un constat qui a conduit au déremboursement de ces tests, également justifié par l'existence d'autres alternatives rapides aux tests nasopharyngés, comme les autotests.

Dans quel cas les utiliser ? Les tests salivaires PCR sont recommandés, dans le cadre du dépistage des cas contacts ou des campagnes de tests massives, pour les personnes pour qui les tests nasopharyngés sont difficiles. Ils sont principalement utilisés pour les élèves des écoles élémentaires.

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