Covid-19 : quel est l'impact des variants sur l'accélération de l'épidémie en France ?

Le variant dit "britannique" se propage de façon inquiétante en France. Lors de son dernier point-presse, le ministre de la Santé Olivier Véran a indiqué que celui-ci représentait désormais 36% des contaminations au Covid-19 dans notre pays (5% pour le variant dit "sud-africain"), mais cette estimation est déjà datée puisqu'elle repose sur des tests PCR menés entre le 8 et le 14 février. La situation est d'autant plus sensible que l'épidémie semble repartir à la hausse et que des mesures de confinements locaux viennent d'être adoptées le week-end sur le littoral niçois (Alpes-Maritimes) et à Dunkerque (Nord).

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Après des débuts difficiles, et l'organisation sporadique d'enquêtes "flash", le criblage s'améliore peu à peu pour identifier les cas de Covid-19 relevant de la souche historique et ceux relevant des variants. Depuis le 5 février, tous les tests PCR positifs font notamment l'objet d'un second test PCR, obligatoirement réalisé à l'aide de kits de dépistage ciblant deux positions particulières de la protéine Spike du virus. Cette technique permet d'évoquer la présence d'un variant et fournit donc des renseignements précieux sur l'épidémie, même si le séquençage génétique reste nécessaire pour confirmer cette indication.

Une circulation déjà plus large qu'attendu

Mais voilà qu'une équipe de chercheurs vient livrer une analyse plus poussée sur ce point, dans un article en pré-publication (PDF) mis en ligne mardi 23 février. L'étude analyse les tests PCR de 40 000 personnes, réalisés entre le 26 janvier et le 16 février dans 12 régions françaises. Les dépistages ont été effectués à l'aide de kits capables de cibler deux positions très particulières (délétion 69-70 et mutation N501Y), et donc d'évoquer, selon les résultats, la présence d'un variant dit "britannique" ou "sud-africain" et "brésilien".

La conclusion des chercheurs est sans appel : les différents variants circulent déjà plus largement qu'attendu. 

"En se basant sur nos estimations, plus de la moitié des infections pourraient déjà être causées par des variants [essentiellement britanniques], bien qu'il existe une certaine hétérogénéité spatiale [selon les régions]."

Un groupe de chercheurs français

dans une étude

Par précaution, les chercheurs ajoutent que le point de bascule pourrait toutefois être repoussé au 7 mars, à condition d'attribuer à la souche historique tous les tests PCR mis de côté dans leur étude (13%), car inexploitables.

Les travaux menés sur les 40 000 tests PCR corroborent les modèles mathématiques de l'Inserm, qui avaient très tôt dessiné la vitesse de remplacement de la souche historique. Le 18 janvier, la chercheuse Vittoria Colizza et ses collègues avaient estimé que le variant dit "britannique" représenterait à lui seul plus d'un cas de Covid-19 sur deux à la fin du mois de février ou au début du mois de mars. 

Mais les dizaines de milliers de résultats de PCR ont également permis de dessiner des trajectoires selon les territoires. Pris dans leur ensemble, les variants représentent déjà plus de la moitié des cas dans la quasi-totalité des régions étudiées (à ce stade, la Bourgogne-Franche-Comté fait encore exception).

Malheureusement, les tests PCR analysés dans cette étude ne permettent pas de mener une approche à l'échelle du département. Il faut donc se tourner vers les données de Santé publique France, en date du 17 février, qui recensent les taux de suspicion de variants parmi les tests de criblages positifs. D'après ces résultats, le variant apparu au Royaume-Uni serait désormais majoritaire (plus de 50% des tests positifs) dans 11 départements français. Et il représenterait de 30 à 50% des cas de contaminations dans 28 autres départements.

Y a-t-il un lien clair entre une forte part de variant britannique et une forte circulation du coronavirus ? Pour évaluer cette dynamique, franceinfo a calculé un taux d'incidence commun aux départements, en les regroupant selon le taux de suspicion du variant.

Verdict : la circulation du virus repart en effet à la hausse dans les territoires où le variant serait le plus présent (30-50% et supérieur à 50%, courbes rouge et bleue). Cela ne surprend pas l'épidémiologiste Renaud Piarroux, chef de service à l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière. "En Angleterre, les contaminations avaient bondi au début du mois de décembre, lorsque la proportion de variant était à 40%", rappelle-t-il à franceinfo.

A l'inverse, les courbes ont d'abord baissé au début du mois de février dans les départements qui ont les taux de suspicion les plus faibles (de 10 à 30% et moins de 10%, courbes verte et bleue). Ces derniers jours, la situation semble repartir à la hausse dans les départements avec une part modérée de variant (de 10 à 30%, courbe verte) et le taux d'incidence a arrêté de baisser dans les territoires les plus épargnés (courbe bleue).

"Une croissance rapide des cas est attendue dans les semaines à venir"

Le taux de reproduction (R0) de la souche historique, désormais, est inférieur à 1, grâce notamment aux mesures de couvre-feu qui ont encouragé sa décrue. Mais le variant dit "britannique", lui, continue de progresser. Une nouvelle modélisation de l'Inserm (PDF), publiée mi-février, conforte ce scénario d'une épidémie à deux vitesses, avec d'une part "une circulation décroissante de la souche historique" et d'autre part "l'augmentation exponentielle de celle de la variante". 

Simple corrélation temporelle ou réel avantage comparatif ? La croissance de ce variant est linéaire et "sans oscillation", explique Mircea Sonofea, maître de conférences en épidémiologie à l'université de Montpellier, ce qui est compatible avec "une augmentation déterministe" commune "aux dynamiques évolutives". En clair : "On a un remplacement d'une souche par une autre".

Ce variant est donc avantagé par sa plus grande capacité de transmission, évaluée entre 37% et 55% par les auteurs de l'étude sur les tests PCR. En l'absence de mesures de contrôle renforcée, estime l'Inserm, "une croissance rapide des cas est attendue dans les semaines à venir". Et en toute logique, cette hausse due au variant dit "britannique" fait donc craindre une nouvelle hausse des admissions dans les hôpitaux. Elle pourrait avoir de lourdes conséquences, même en étant plus mesurée qu'à l'automne.

"Il n'y a pas besoin de monter brusquement pour mettre les services hospitaliers en surcharge. Les services de réanimation sont déjà presque pleins."

Renaud Piarroux, épidémiologiste et chef de service à la Pitié-Salpêtrière

à franceinfo

L'Inserm a modélisé trois scénarios, sur la base d'un variant dit "britannique" plus transmissible de 50% – l'option d'un confinement n'est pas étudié et les autres variants ne sont pas pris en compte. Le nombre d'hospitalisations repart à la hausse dans tous les cas : renforcement des mesures (graphique de gauche, réduction du R0 de 10%), statu quo et assouplissement (augmentation du R0 de 10%). "Une fois que le nombre des cas de variants britanniques va augmenter, il faudra aussi agir pour mettre des mesures qui pourraient être plus importantes", a résumé Vittoria Colizza, mardi sur France Inter. 

Du côté de l'université de Montpellier, les co-auteurs de l'étude menée sur les tests PCR sont sur la même longueur d'onde. "Cette augmentation de la fréquence des variants va s'accompagner d'une augmentation de la circulation virale, et ça augmentera nécessairement le nombre de reproductions", complète Mircea Sofonea. L'équipe de modélisation de l'épidémiologie (ERE) estime que le nombre d'admissions à l'hôpital risque d'augmenter dès la semaine prochaine ou la semaine suivante, dans un scénario (un peu) moins pessimiste. 

"On se retrouve sur quelque chose d'inquiétant, avec une augmentation qui pourrait représenter un risque de saturation hospitalière, au moins localement, vers avril."

Mircea Sofonea, maître de conférences en épidémiologie et évolution des maladies infectieuses

à franceinfo

"Même s'ils sont déjà majoritaires, ces variants continuent d'augmenter en fréquence, explique Mircea Sonofea. Il y a encore une marge, même si ce sera de plus en plus lent à mesure que l'on s'approche de 100%." Toute la question est désormais de savoir si les mesures actuellement mises en place vont permettre d'infléchir le taux de reproduction des nouveaux variants. Et de savoir si de premiers bénéfices peuvent être espérés durant la campagne de vaccination. D'autres variables, comme les vacances scolaires, la répartition de la population ou les conditions météorologiques, pourront également jouer un rôle, dans un sens comme dans l'autre.

Enfin, l'analyse des tests PCR suggère une plus forte circulation de ces variants dans les catégories d'âge plus jeunes. La communauté scientifique ne sait toujours pas si ce point est lié à des dynamiques spécifiques de la circulation du variant ou à des propriétés biologiques qui lui sont propres. Mais quelle que soit l'explication, cette spécificité interdit tout relâchement dans le respect des gestes barrières, y compris dans les catégories les moins à risque de développer une forme grave.