Covid-19 : Chypre affirme avoir découvert un "variant Deltacron" mêlant des mutations de Delta et Omicron, des scientifiques expriment leurs doutes

Un nom effrayant est devenu pendant quelques heures le mot clé le plus utilisé sur le Twitter français dimanche 9 janvier : Deltacron. Le résultat de l'annonce d'un professeur de l'Université de Chypre, vendredi, affirmant avoir découvert un nouveau variant du virus responsable du Covid-19. Il le décrit comme "combinaison" de Delta et Omicron, d'où le surnom qu'il lui a attribué. Mais des scientifiques ont mis en doute ses conclusions. Et lui-même n'est pas alarmiste sur le risque associé à ce possible variant.

"Il y a actuellement des co-infections par Omicron et Delta, et nous avons trouvé ce variant qui est une combinaison des deux", a déclaré Leondios Kostrikis, patron du laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire de l'université, à la chaîne locale Sigma TV vendredi, dans des propos cité par Bloomberg (en anglais).

Il affirme que ce variant présente un profil génétique proche de celui du variant Delta, mais des mutations que l'on retrouve chez le variant Omicron, dix exactement selon le média local Cyprus Mail (en anglais) qui cite également le scientifique. Le variant a été identifié par son équipe chez 25 personnes, et les séquences génétiques des différents échantillons ont été mises en ligne sur une base de données mondiale, GISAID.

Une erreur de manipulation ?

Des scientifiques ont cependant exprimé des doutes sur l'existence de ce variant. Les séquences génétiques "ont l'air d'être assez clairement le résultat d'une contamination" entre plusieurs échantillons, c'est-à-dire d'une erreur de manipulation, a réagi samedi le virologue Tom Peacock, de l'Imperial College de Londres, dans un tweet repris par d'autres scientifiques.

Le séquençage est fait façon puzzle : on "lit les lettres" de pleins de fragments du génome, qui sont ensuite assemblés par ordinateur.
S'il y a des contaminations, on peut par erreur assembler ensemble des séquences provenant de virus différents.

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— Flo Débarre (@flodebarre) January 9, 2022

Il pointe notamment le fait que les 25 séquences génétiques mises en ligne par les Chypriotes n'apparaissent pas toutes au même endroit au sein de l'arbre phylogénétique de GISAID, sorte d'arbre généalogique des variants. En décembre, il estimait déjà qu'une alerte sur la possible apparition d'un variant était plus crédible s'il était observé dans plusieurs laboratoires plutôt qu'un seul.

Dimanche, Leondios Kostrikis lui a répondu dans un mail à Bloomberg. Les échantillons n'ont pas tous été séquencés simultanément, assure le scientifique chypriote, et certains ont été collecte à l'hôpital et d'autres en dehors. Il affirme également qu'une séquence similaire a été mise en ligne depuis Israël. Ce qui, selon lui, "réfute les déclarations sans preuves selon lesquelles Deltacron est le résultat d'une erreur technique". 

Le scientifique ne l'imagine pas supplanter Omicron

Le Chypriote précise, par ailleurs, qu'il ne pense pas que "Deltacron" soit apparu chez un patient infecté à la fois par Delta et Omicron chez qui les deux variants auraient fusionné. Les mutations qu'il dit observer sont, selon lui, le résultat de l'évolution naturelle d'un variant plus ancien, "et non le résultat d'un unique épisode de recombination".

Quoi qu'il arrive, le scientifique ne se montre pas alarmiste. Selon Bloomberg, il estime qu'il est trop tôt pour savoir à quel point "Deltacron" est contagieux ou virulent, mais pense qu'il ne remplacera pas le très transmissible Omicron. Dimanche, le ministre de la Santé de Chypre, cité par le site PhileNews, a affirmé qu'il n'y avait pas lieu de s'inquiéter au sujet de ce variant. Et promis davantage d'informations lors d'une conférence de presse dans la semaine.