Chaque ville dans le monde possède son propre cocktail de microbes

"Donnez-moi vos chaussures, et en séquençant la semelle, je pourrais vous dire quasiment à coup sûr d’où vous venez dans le monde." C’est la promesse du Dr Christopher Mason, le chercheur américain qui a dirigé cette étude. Une équipe internationale de chercheurs a fait des prélèvements dans les transports en commun d’une soixantaine de villes dans 32 pays. Armés de gants, d’un petit tube et d’un écouvillon, ils ont frotté les tourniquets du métro, les distributeurs de tickets et évidemment les barres des wagons. Près de 5 000 échantillons ont été analysés. Résultat, des micro-organismes différents d’une ville à l’autre, selon le nombre d’habitants, l’altitude, le climat.

Par exemple, un échantillon prélevé près de l’océan contenait des microbes qui aiment le sel, un autre provenant de New York était riche en bactéries très tolérantes aux basses températures. Et ce n’est pas tout, les scientifiques ont identifié près de 12 000 bactéries et virus qui étaient inconnus jusque-là. Heureusement, ce ne sont pas de agents pathogènes, ils sont donc inoffensifs. Avec toutes ces données, ils ont constitué un atlas des microbes (site en anglais) et même une carte que tout le monde peut le consulter !

Des débouchés étonnants

Grâce à ces données, les scientifiques vont réaliser plusieurs choses. D’abord, la veille sanitaire. On voit avec l’épidémie de Covid-19 l’importance de suivre à la trace un virus problématique qui pourrait émerger. Ensuite, ça permettra aux chercheurs d’en savoir plus sur ces bactéries qui nous entourent et d’identifier celles qui résistent aux antibiotiques. Grâce à cette étude, ils ont déjà découvert que certaines villes ont plus de gènes résistants que d’autres.

Cette analyse des molécules et des protéines fabriquées par les microbes pourrait servir à fabriquer de nouveaux médicaments. L’équipe de Christopher Mason poursuit son travail de fourmi, ils collectent maintenant des échantillons d’ARN et d’ADN sur les tourniquets de métro, mais aussi dans l’air, dans l’eau et dans les eaux usées.