La SNCF a subi en 2009 une perte nette de 980 millions d'euros, due en partie à des dépréciations d'actifs

Hors ces dépréciations, le groupe public afficherait un résultat tout juste positif de 3 millions d'euros.

Le groupe avait dégagé un bénéfice de 575 millions en 2008, et de 1,042 milliard en 2007.

La direction du groupe attribue en grande partie la perte de 2009 à "la crise, à l'évidence", qui a amputé de plus de 500 millions d'euros la marge opérationnelle. Celle-ci (équivalent de l'excédent brut d'exploitation) a baissé de 35%, à 1,688 milliard, soit 6,8% du chiffre d'affaires. La SNCF affiche un chiffre d'affaires en recul de 1,2%.

"2009 a été pour nous une annus horribilis avec un effondrement du transport de marchandises et un effondrement des trafics de voyageurs, certes beaucoup moins prononcé dans le ferroviaire que dans l'aérien. Néanmoins, il y a pour nous un arrêt de la croissance de TGV, et c'est une rupture historique", selon un responsable du groupe .

La SNCF met en avant quatre problèmes principaux :
- La branche infrastructures, qui travaille à l'entretien du réseau, ne dégage qu'une marge opérationnelle (hors éléments non récurrents) de 25 millions
- La marge des "trains d'aménagement du territoire" (Corail, trains de nuit, etc.), que la société voudrait voir subventionnés, est elle négative (-120 millions)
- Celle du fret ferroviaire est de -337 millions
- La marge des grandes lignes a baissé de 27% à 1,151 milliard d'euros. La direction voit dans cette "cassure du modèle TGV" "une part de crise et une part de problème structurel" lié à l'augmentation des péages payés à RFF.

Le mauvais résultat du groupe vient essentiellement cependant d'une opération comptable avec "des dépréciations très importantes d'actifs qui relèvent de l'impact de la crise et aussi d'éléments plus structurels, qui ne sont pas nouveaux".

Le groupe a ainsi déprécié pour 721 millions d'euros d'actifs dans le fret et pour 245 millions dans les infrastructures, des sommes que ne viennent pas compenser un produit exceptionnel de 344 millions réalisé grâce à la vente de terrains aux Batignolles.