Covid-19 : comment les variants sont-ils détectés et analysés ?

Le laboratoire de virologie du CHU Henri Mondor de Créteil (Val-de-Marne) est capable de détecter les variants du Covid-19, qu'il s'agisse du variant anglais, sud-africain ou encore brésilien, dans les prélèvements opérés sur des personnes testées positives. Pour cela, il faut séquencer ces prélèvements, soit analyser le code génétique du virus qu'ils contiennent. La première étape consiste à préparer l'échantillon. "Cela consiste à découper le génome en petits morceaux, parce que les séquenceurs ne peuvent les lire qu'en petits morceaux", explique le docteur Christophe Rodriguez, virologue et responsable de la plateforme génomique au CHU Henri Mondor de Créteil.

Les conséquences des mutations

Une fois l'échantillon prêt, le séquençage s'opère grâce à des machines spécifiques. "Le génome est composé de lettres, qui est un alphabet de quatre lettres, qui sont mises bout à bout et forment un grand mot de 30 000 lettres environ. Quand on a un variant, par rapport à un variant qui circulait antérieurement, il y a certaines lettres qui ont changé", précise le docteur. Une fois un nouveau variant repéré, il faut savoir quelles sont les conséquences des mutations ; ainsi, l'agence chargée des maladies émergentes met en place des études spécifiques.