Covid-19 : "Il faut travailler tous ensemble pour traquer les nouveaux variants", le généticien Philippe Froguel pointe le retard français sur le séquençage

Depuis plusieurs semaines, des chercheurs s'inquiètent du retard pris par la France en matière de séquençage. Le 3 novembre dernier déjà, l'Académie des sciences et l'Académie de médecine avaient, dans un communiqué commun, appelé à rendre accessibles toutes les séquences détectées du Covid-19 le plus vite possible et pointaient une rétention d'informations trop fréquente.
Séquencer régulièrement permet de repérer l'apparition de nouvelles souches et d'adapter si besoin en conséquence les politiques de lutte contre l'épidémie. Fin décembre, le généticien Philippe Froguel, professeur au CHU de Lille et à l'Imperial College de Londres, avait appelé les pouvoirs publics à la création d'un consortium national de séquençage. Philippe Froguel estime vendredi 19 février qu'il est plus que jamais impératif d'agir vite et collectivement. 

franceinfo : Quelle est la situation en France en matière de séquençage ?

Philippe Froguel : Cela fait deux mois que nous avons alerté le président de la République et les pouvoirs publics. Ce plan de séquençage viral national qu'on nous avait promis devait avoir une partie surveillance et une partie recherche. On est sans nouvelle de [la ministre de la Recherche ] Madame Vidal et au niveau de la santé, j'en tire la conclusion qu'il y a encore des choses pas très claires. La réalité sur le terrain est que les centres de virologie et les deux centres nationaux de référence ont été incapables et seront incapables de répondre aux besoins français qui sont de 5 000 à 10 000 séquences virales par semaine, ce qui correspond à peu près à 5% des personnes infectées.

Vous indiquez avoir eu le ministre de la Santé au téléphone. Que lui avez-vous dit?

J'ai proposé à M. Véran qu'il autorise le secteur privé à faire du séquençage, il y a un arrêté qui l'autorise tout en l'interdisant donc ce serait mieux qu'il l'autorise tout court. Le deuxième point serait qu'il nous donne des crédits car pour l'instant les séquençages que je fais sont faits sur mes crédits de recherche, ce qui n'est pas complètement normal et ça ne pourra pas durer très longtemps. La troisième proposition ce serait que tout le monde travaille ensemble. Ce n'est pas du tout le cas. Ce qui fait que le travail est désorganisé. Les séquences sont mal analysées et finalement le travail n'est pas très efficace en France. C'est pour ça que j'ai décidé d'obtenir seul des kits de séquençage que j'ai eu un mal fou à obtenir parce qu'on était en pénurie.

"J'ai démontré qu'on pouvait avoir des résultats sur 92 échantillons en trois jours, ce qu'on a fait la semaine dernière. Et là on est en train de démontrer qu'on peut faire la même chose en trois jours mais cette fois-ci à partir de 400 échantillons."

Philippe Froguel

Pour cela, j'ai travaillé avec des laboratoires privés qui m'ont offert des échantillons. La seule chose qu'on peut faire c'est montrer par l'exemple qu'en France on peut faire mieux et essayer de démontrer que c'est important de le faire. Quand on voit ce nouveau variant trouvé en Écosse qui a toutes les caractéristiques du variant sud-africain, on se dit que c'est vraiment très important de traquer les nouveaux variants et d'essayer de voir s'ils sont associés à une résistance à la vaccination, à une contagiosité plus forte ou à une sévérité de la maladie.

Quels sont, à votre avis, les points de blocage au développement du séquençage en France ? 

Je pense qu'en France, depuis le début de la pandémie, ce qui bloque c'est le corporatisme médical hôspitalo-universitaire, avec des chapelles qui luttent férocement pour un certain pouvoir de contrôle. Il y a en particulier un groupe de virologues qui pensent que tout cela doit être contrôlé par eux alors qu'ils n'ont absolument pas la capacité de faire ce séquençage. Et ils devraient s'associer à des professionnels du séquençage, qu'ils soient publics ou privés pour obtenir des résultats. S'ils ne l'ont pas fait aussi, c'est qu'ils se sont trompés pendant l'été en pensant que le virus n'allait pas changer et que même s'il changeait ça serait sans importance. C'est aussi pour ça qu'ils ne s'y sont pas intéressés. 

"Ce qu'il faut comprendre c'est pourquoi on a maintenant des variants qui ont des effets importants alors qu'il ne s'est rien passé pendant neuf mois."

Philippe Froguel

C'est tout simplement parce qu'au début, le virus a muté mais cela n'avait pas de grandes conséquences. On avait une petite mutation d'un côté, une autre de l'autre. Progressivement, les virus qui ont survécu aux anticorps produits par des millions de personnes ont accumulé un certain nombre de mutations qui leur permettaient de survivre. Le variant anglais a une douzaine de mutations et c'est cette accumulation de mutations qui va le rendre plus efficace. Et puis un jour, il y a un virus qui a encore une mutation supplémentaire et celle-là, elle change un peu tout. Par exemple, elle va entrainer une résistance à la vaccination parce qu'elle va entrainer moins de réactions d'anticorps, ou va faire qu'il va rester plus longtemps dans le corps parce qu'il résiste au système immunitaire.

Est-ce que l'enjeu, désormais, n'est pas de savoir s'il y a d'autres variants présents en France, plus que de savoir quand le variant britannique va finir par devenir dominant? 

Le variant britanique va être hyper dominant dans trois semaines ou un mois et donc de toute façon cela ne servira plus à rien de le chercher puisqu'il sera quasiment partout. Le variant sud-africain probablement aussi va augmenter. Il y aura une compétition entre les deux, on verra bien ce qui se passera. Mais moi ce qui m'inquiète, c'est que de manière inéluctable, il va y avoir la mutation de plus qui va possiblement entrainer une résistance plus importante au vaccin ou une contagiosité plus importante. C'est là où il faudra faire très attention, la détecter vite pour essayer de l'éradiquer dans la partie du pays où elle se trouvera. C'est pour ça qu'un certain nombre de gens pensent, comme moi, que si confinement il doit y avoir, il doit être fait localement dans les endroits où il y a les variants les plus graves.

Premiers résultats du séquençage du génome de SARS Cov2 obtenus en 3 jours ouvrés seulement: 24% de vrais variants et 6% de sud africains a Lille la semaine derniere. Le centre genomique Ligan @PreciDIABCenter @CHU_Lille est prêt a sequencer ceux de Dunkerque et @hautsdefrance pic.twitter.com/O1KECAQDUk

— Philippe Froguel (@philippefroguel) February 15, 2021

On pourrait finalement se retrouver avec une conjonction d'épidémies de natures différentes ?

C'est déjà exactement ce qui se passe. Ce qui se passe en Angleterre est différent de ce qui se passe en Afrique du Sud. Comme on a mal contrôlé les transports d'un pays à l'autre, ça finit par passer assez facilement. Mais on a déjà de très grosses différences. C'est là où il faut que chaque pays fasse très attention, au fur et à mesure qu'on vaccine, à l'apparition de variants résistants. Il faudra les surveiller de très près, pour les éradiquer, si on y arrive et sinon pour changer très vite les vaccins. 

On a tendance à dire que le Royaume-Uni est très en avance sur la France en matière de séquençage. Dans quelle proportion?

Les Britanniques, s'ils ont 10 000 cas par jour -ce qui est le cas en ce moment- ils ont à peu près 1000 séquences par jour. Quand ils en avaient 50 000, ils en séquençaient 5000. On séquence de manière aléatoire à peu près 8 à 10% de tous les échantillons positifs du Royaume-Uni. En France on serait aujourd'hui à 0,13%. Dans les Hauts-de-France, j'aimerais arriver à 5%. J'ai demandé l'appui de la région qui semble prête à nous aider financièrement et on passe ensuite des accords avec des laboratoires d'analyse privés et on espère avec des hôpitaux bientôt, pour avoir un monitoring précis de ce qui se passe dans les différentes parties des Hauts-de-France, à Dunkerque, à Amiens ou à Lille. 

Comment explique-t-on que le Royaume-Uni ait cette avance en matière de séquençage?

Je connais bien la différence puisque je suis professeur à Londres à l'Imperial College. Le gouvernement britannique a décidé dès le printemps de faire un consortium académique de centre de génétique . Ils ont demandé aux hôpitaux et aux centres de prélèvements de ville d'envoyer des échantillons. Ils en ont séquencé 8% et là ils ont pu faire un suivi. Ce qui ne suffit pas en-soi. Par exemple ils ont été un peu lents à réagir en septembre quand ils ont trouvé le variant dit britannique. Boris Johnson a laissé les pubs et les restaurants ouverts début décembre à Londres et là c'était une erreur funeste qui a entrainé 60 000 cas par jour et quasiment 2 000 morts par jour pendant un moment. Il faut qu'on en tire des conclusions et qu'on adapte la politique de santé publique aux résultats qu'on trouve. 

 N' y a t-il pas aussi un retard en ce qui concerne le partage des données et  résultats, en France comme à l'échelle internationale?

La France et les Français n'ont absolument pas été incités à mettre leurs séquences ensemble et à les analyser. Je sais par exemple que Didier Raoult, qui a séquencé la moitié des séquences françaises en 2020, a demandé aux autres centres qu'ils communiquent ce qu'ils avaient fait et les autres centres ont refusé. Et ça c'est intolérable. Quel que soit ce qu'on pense de Didier Raoult, il est important de mettre en commun ces données qui sont publiques et qui sont très importantes. Le séquençage que je commence à faire, on le met immédiatement dans les bases publiques pour que cela puisse être utilisé. Au niveau international on n'a pas encore travaillé assez là-dessus et on est en train de le payer. J'essaie à mon niveau, comme le propose Eric Karsenti de l'Académie des Sciences, de faire un travail au sein de l'EMBL-EBI, à Cambridge, financé par l'Union Européenne, pour qu'on avance et qu'on étudie les choses en commun au niveau européen.