Covid-19 : on risque "probablement" de découvrir d'autres variants en France, selon le professeur Olivier Schwartz

Après les variants identifiés en Angleterre, en Afrique du Sud et au Brésil, la France découvre à son tour des mutations du Sars-CoV-2 avec le variant apparu en Bretagne, localisé mi-mars, puis un variant spécifique à l'Alsace, détecté par le CHU de Strasbourg, selon le quotidien Les Dernières nouvelles d’Alsace. Le professeur Olivier Schwartz, directeur de l'unité virus et immunité de l’Institut Pasteur, assure que "même si les vaccins sont moins efficaces contre certains variants, cela ne veut pas dire qu'ils ne sont plus efficaces du tout". Il fait le point pour franceinfo sur ce que l'on sait de ces variants et les questions qui restent en suspens.  

Franceinfo : Après le variant identifié en Bretagne, on vient de découvrir un variant en Alsace. Que sait-on d'eux ? 

Olivier Schwartz : Ces variants ont pu émerger parce qu'une grande proportion de personnes a déjà été infectée. Le virus s'est retrouvé soumis à une pression de sélection, c'est-à-dire qu'il a été confronté à des populations immunisées. Pour survivre, il a fait en sorte d'être plus infectieux, pour avoir un avantage sélectif qui lui permet de se propager mieux au sein de la population.

En France, à mesure que le virus a circulé, certains variants sont ainsi apparus. Mais leur importance n'est pas nécessairement connue. On ne sait pas encore combien de cas représente le variant breton par exemple : est-ce que ce variant est juste sporadique, et représente une propagation au sein d'un cluster, ou est-il plus étendu ? C'est trop tôt pour le dire. Pareil pour le variant alsacien.

Il faut voir si ces variants représentent un risque particulier, en fonction des séquences qu'ils contiennent, et notamment s'ils risquent d'échapper aux anticorps induits par les vaccins disponibles à l'heure actuelle.

Comment naissent les variants ? 

Au cours de son cycle de multiplication, le virus produit une enzyme qui peut faire des erreurs spontanées ou naturelles. Elles peuvent être corrigées, parce que le virus est capable de corriger ses erreurs, mais ce n'est pas le cas tout le temps. Si une erreur lui échappe, elle peut être délétère pour le virus (c'est-à-dire qu'elle peut nuire à son efficacité). Mais elle peut aussi lui être bénéfique et, par exemple, le rendre plus contagieux. Dans ce cas, l'avantage que possède le virus variant est suffisant, il peut prendre le pas sur les autres : c'est comme ça que naissent les variants. C'est une naissance due au hasard et à un processus de sélection naturelle. 

Y a-t-il autant de variants que de personnes ?

Oui... et non. Pour l'instant, quand le virus entre dans une cellule, il peut relarguer des centaines voire des milliers de particules virales. Sa charge virale peut atteindre 10 puissance 6 particules virales par échantillon nasal par exemple, soit 1 million de virus potentiellement présents dans un échantillon. L'immense majorité va être identique, mais il peut y avoir une fraction très faible qui a muté. C'est le même processus au niveau de la population : un variant qui a un petit avantage sélectif peut prendre le dessus sur les autres. 

Risque-t-on de découvrir d'autres variants dans d'autres régions de France ? 

Probablement, oui. Après, la question c'est : est-ce qu'ils seront nécessairement inquiétants ? Ça peut juste être un phénomène sporadique localisé qui ne s'étendra pas dans l'ensemble de la population.

Pourquoi ces variants identifiés en France sont classés "sous surveillance" et non dans la catégorie "préoccupants", comme les variants apparus en Angleterre, en Afrique du Sud et au Brésil ?

Pour être "préoccupants", il faut que les variants soient plus transmissibles et qu'ils aient des caractères plus pathogènes, plus agressifs ou plus résistants aux anticorps. S'ils répondent à l'un de ces critères, alors ils rentrent dans la catégorie des variants "préoccupants". Pour savoir si un variant rentre dans cette catégorie, il faut le surveiller, l'étudier. Cela nécessite de séquencer beaucoup de virus. Avant, on faisait juste un PCR, mais on ne regardait pas la composition en ARN du virus. On s'est mis à séquencer plus car on a vu qu'il fallait faire un état des lieux plus précis sur les variants qui pouvaient devenir préoccupants. 

Ces variants risquent-ils d'être plus résistants à la vaccination ? 

Le variant anglais, qui circule le plus en France, n'a pas l'air d'être plus résistant aux anticorps induits par la vaccination. Mais il a l'inconvénient d'être plus transmissible : il entre plus facilement dans les cellules et il y a une augmentation de la mortalité chez les personnes âgées en sa présence. Alors que le variant sud-africain résiste en partie aux anticorps, tandis que le variant brésilien semble être un intermédiaire entre les deux. 

Pour le variant sud-africain, différentes équipes, dont la nôtre à Pasteur, ont montré qu'il était plus résistant, c'est-à-dire qu'il faut une très forte concentration d'anticorps pour le neutraliser. On a observé comment les variants réagissent en présence d'anticorps de patients infectés ou ayant été vaccinés. Leur concentration peut être très variable au cours du temps. Le variant anglais est neutralisé par 95% des échantillons, quelle que soit la concentration d'anticorps. Mais avec le variant sud-africain, il faut une concentration d'anticorps 6 à 14 fois plus élevée pour le neutraliser. Heureusement, ce variant reste encore minoritaire sur le territoire.  

La vaccination permettra-t-elle de contrer les variants ?

Oui, il faut continuer à se vacciner, bien sûr. En France, c'est essentiellement le variant anglais qui circule et il reste sensible au vaccin. Il y a également quelques pour cent de personnes infectées par le variant sud-africain, mais si leur niveau d'anticorps est suffisamment haut, les personnes vaccinées seront protégées : donc même si les vaccins sont moins efficaces contre certains variants, cela ne veut pas dire qu'ils ne sont plus efficaces du tout. Par ailleurs, les fabricants sont en train d'adapter leurs vaccins aux nouvelles souches. 

Est-ce que l'on peut dire que plus le virus circule, plus il y aura de variants ? 

C'est possible, mais le processus de sélection d'un mutant du virus n'a pas un espace de variation infini. Il y a un coût réplicatif : le fait de devenir résistant, de muter, peut s'accompagner d'une perte de vitalité du virus. Il continuera donc sans doute à muter, mais pourra perdre sa capacité originelle à bien se multiplier.