Après avoir évolué durant huit saisons au poste de demi de mêlée ou à l'ouverture des "rouges et noirs", Elissalde avait été nommé en 2012 entraîneur des arrières, succédant à Philippe Rougé-Thomas. Jean-Baptiste Elissalde est lié avec le Stade Toulousain jusqu'au terme de l'exercice 2015-2016.