Covid-19 : ce que l'on sait du nouveau variant baptisé Omicron, qui pousse l'Europe à fermer ses frontières

A peine identifié, il fait déjà grand bruit. Le nouveau variant B.1.1.529, qui devrait être nommé prochainement Omicron (la 15e lettre de l'alphabet grec) par l'OMS, a été détecté en Afrique du Sud en début de semaine. Il inquiète les autorités scientifiques car, selon les premières études menées sur lui, il est plus contagieux que le variant Delta qui sévit actuellement en Europe.

Submergé par une cinquième vague, le Vieux continent est déjà redevenu l'épicentre de la pandémie et craint une éventuelle arrivée de ce variant sud-africain. Le ministre de la Santé, Olivier Véran, en déplacement à Brest (Finistère) vendredi 26 novembre, invite "tous les ressortissants qui sont arrivés en France en provenance des pays d'Afrique australe au cours des deux dernières semaines à contacter sans tarder les autorités sanitaires – l'Agence régionale de santé, le médecin, le pharmacien – afin qu'ils puissent bénéficier sans délai d'un test PCR et que, si nécessaire, des mesures d'isolement puissent être mises en place", rapporte BFMTV. 

Franceinfo revient sur ce que l'on sait de ce nouveau variant. 

Il semble plus contagieux

Sa présence a été identifiée dans la province du Gauteng, où sont situées Pretoria et Johannesburg, les deux plus grandes villes d'Afrique du Sud. C'est sur des prélèvements effectués sur des personnes contaminées et collectés entre le 14 et le 22 novembre que ce nouveau variant a été formellement identifié, rapporte l'Institut national des maladies transmissibles (NICD) sur son site (en anglais). Le ministère de la Santé sud-africain ainsi que l'Organisation mondiale de la santé ont été prévenus dans la foulée.

Ce variant présente un nombre "extrêmement élevé" de mutations et "nous pouvons voir qu'il a un potentiel de propagation très rapide", a déclaré le virologue Tulio de Oliveira, de l'institut de recherche Krisp, adossé à l'université du Kwazulu-Natal, lors d'une conférence de presse en ligne chapeautée par le ministère de la Santé sud-africain. "Certaines mutations sur le profil génétique de ce variant peuvent toucher la protéine Spike qui est la clé d'entrée du virus dans l'organisme", a détaillé le ministre de la Santé français, Olivier Véran, vendredi, à Brest.

Sa résistance aux vaccins est inconnue

Ces deux caractéristiques − nombreuses mutations et grande transmissibilité − mettent la communauté internationale en alerte. En Afrique du Sud, "les cas détectés et le pourcentage de tests positifs augmentent rapidement, en particulier dans le Gauteng, le Nord-Ouest et le Limpopo", a détaillé le NICD. Ces deux particularités  peuvent potentiellement rendre le variant  dominant. Comme cela a été le cas avec le variant Delta découvert en Inde et qui, selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), a réduit à 40% l'efficacité des vaccins contre la transmission de la maladie.

Bien qu'il soit encore trop tôt pour connaître la réelle efficacité des vaccins existants contre ce nouveau variant, les scientifiques sud-africains se disent préoccupés par la capacité du virus à "contourner certaines parties de notre système immunitaire", a déclaré un autre chercheur de l'équipe, le professeur Richard Lessells. Quant à la gravité des symptômes que le virus pourrait provoquer, "nous n'avons pas, à date, de connaissance sur la pathogénicité de ce variant parce qu'il n'y a que peu de cas encore", a souligné Olivier Véran, à Brest. 

Il a été détecté au Botswana, à Hong Kong et en Israël 

Depuis le séquençage de ce nouveau variant, "vingt-deux cas positifs ont été enregistrés" en Afrique du Sud, a répertorié le NICD le 25 novembre. Mais au fur et à mesure que les laboratoires analysent les tests Covid reçus, ils "confirment davantage de cas". Au Botswana voisin, quatre personnes ont ainsi été identifiées comme étant infectées par le variant dans le courant de la semaine.  

Des voyageurs infectés ont été signalés dans le monde. A Hong Kong, un cas a été identifié. La personne revenait d'un voyage en Afrique du Sud. Le journal Les Echos parle d'une deuxième personne qui aurait été contaminée dans des circonstances qui restent à définir. Cette seconde contamination par le nouveau variant n'a pas été confirmée officiellement pour l'instant.  

Un cas a aussi été détecté en Israël, a annoncé vendredi le ministère de la Santé israélien dans un communiqué. "Il s'agit d'une personne revenue du Malawi", a précisé le ministère, disant craindre "deux cas supplémentaires de personnes revenues de l'étranger" et placées en isolement. Ces trois personnes étaient vaccinées contre le Covid-19, a révélé le ministère de la Santé israélien, sans toutefois préciser le nombre de doses ou le type de vaccin.

Il a aussi été identifié en Belgique

Le ministre de la Santé français, Olivier Véran, a assuré que ce nouveau variant sud-africain "n'a pas été diagnostiqué en Europe" pour le moment. "Et nous ne voulons pas être amenés à [le] diagnostiquer sur le territoire national et européen, ne serait-ce tant qu'on n'en sait pas plus sur sa dangerosité", a-t-il souligné. Il a également assuré que tous les passagers du dernier vol en provenance d'Afrique australe qui a atterri vendredi matin à Paris avant la fermeture des frontières ont été testés. 

Peu de temps après la prise de parole d'Olivier Véran, un cas du nouveau variant a été identifié en Belgique. "On a un cas qui est maintenant confirmé de ce variant. Il s'agit de quelqu'un qui venait de l'étranger. Qui a été testé positivement le 22 novembre. Qui n'était pas vacciné", a détaillé le ministre de la Santé belge, Frank Vandenbroucke, lors d'une conférence de presse. Ce cas fait partie des deux échantillons suspects qui étaient en cours d'examen et pouvaient être potentiellement liés à ce variant, a expliqué Marc Van Ranst, virologue à l'université de Louvain, au quotidien Het Laatste Nieuws (article en néerlandais). 

Il pousse l'Europe à se fermer à l'Afrique australe

La Commission européenne a proposé, vendredi, de suspendre les vols en provenance d'Afrique australe, plus précisément d'Afrique du Sud, du Lesotho, du Botswana, du Zimbabwe, du Mozambique, de la Namibie et de l'Eswatini (le nouveau nom du Swaziland). "La situation est en train d'évoluer très vite, nous voulons nous assurer de faire le maximum pour ralentir la diffusion de ce variant", a assuré un porte-parole de la Commission. Plusieurs pays, notamment le Royaume-Uni, l'Allemagne, l'Italie et la France, ont déjà réagi en interdisant les voyageurs venant d'Afrique australe.

Il est surveillé de près par l'OMS

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) déconseille pour l'instant de fermer les frontières, car elle estime qu'il faudra encore quelques semaines pour comprendre le niveau de transmissibilité et de virulence du nouveau variant B.1.1.529. 

En attendant, l'OMS suit "de près" ce nouveau variant et se réunit vendredi pour déterminer sa dangerosité, a expliqué Christian Lindmeier lors d'un point de presse régulier des agences de l'ONU. "Il nous faudra quelques semaines pour comprendre l'impact de ce variant. Les chercheurs travaillent pour mieux comprendre les mutations et ce qu'elles pourraient signifier en termes de transmissibilité ou de virulence du variant, et quels pourraient être les effets sur les outils de diagnostics, les traitements et les vaccins", a-t-il précisé.