Propagation du Covid-19 au Royaume-Uni : ce que l'on sait (et ce que l'on ne sait pas encore) de AY4.2, ce sous-variant du Delta

Ce nouveau variant est apparu dans quatre pays et des travaux sont en cours pour tester sa résistance aux vaccins, même s'il n'est pas encore classé comme "variant préoccupant" au Royaume-Uni.

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Un échantillon contenant l'ADN d'un patient est préparé pour analyser son test au Covid-19, le 22 avril 2021 à Santa Barbara (Californie). (REX/SIPA / SHUTTERSTOCK / SIPA)

Il est surveillé comme le lait sur le feu. Un nouveau sous-variant du coronavirus se propage actuellement au Royaume-Uni, confronté à une hausse des contaminations au Covid-19. Le AY4.2 est un sous-variant du très contagieux Delta apparu initialement en Inde et qui avait provoqué une reprise de l'épidémie en fin de printemps et début d'été. "Nous surveillons de très près" cette nouvelle forme "et nous n'hésiterons pas à prendre des mesures, si nécessaire", a déclaré un porte-parole de Downing street. Voici ce que l'on sait et ce que l'on ne sait pas encore sur cette nouvelle souche.

Ce que l'on sait

Il a été identifié dans quatre pays. Le nouveau variant AY4.2 est surtout présent au Royaume-Uni. Sept cas ont aussi été identifiés aux Etats-Unis, selon The San Francisco Chronicle*, qui se réfère à Outbreak.info*, le site américain qui traque les variants et sous-variants du Sars-CoV-2. Selon l'AFP, quelques autres cas ont été séquencés au Danemark, qui ont depuis presque disparu. Un cas vient d'être repéré en Israël, a annoncé mercredi 20 octobre le ministère de la Santé. Il s'agit d'un enfant de 11 ans qui arrivait d'Europe à l'aéroport Ben-Gourion de Tel-Aviv. Il a été mis en quarantaine, précise la même source, soulignant qu'aucun autre cas n'a depuis été identifié. Pour l'instant, le AY4.2 n'a pas été officiellement répertorié en France.

Il concerne près de 8% des nouveaux cas au Royaume-Uni. Le AY4.2 est "sur une trajectoire croissante" au Royaume-Uni, reconnaît l'Agence britannique de sécurité sanitaire. Dans la semaine du 27 septembre, il représentait 6% des nouveaux cas, selon un rapport de l'agence*. Selon le docteur Scott Gottlieb, ancien commissaire de la Food and Drug Administration (l'agence sanitaire américaine), il représente désormais 8 % des cas. Soit 14 705 séquences, précise The San Francisco Chronicle.

Il est une des 56 sous-lignées du variant Delta. Le AY4.2 est une ramification de AY.4, qui est elle-même une ramification du variant Delta "mère". Lorsque le virus fait des copies de lui-même, de petites erreurs se produisent et entraînent de légères variations, qui donnent lieu à des sous-lignées. Selon Outbreak.info, le variant Delta compte désormais 56 sous-lignées. Comme le précise l'agence sanitaire britannique dans son rapport, le AY4.2 contient deux mutations majeures, A222V et Y145H, dans la protéine spike, qui permet au virus de pénétrer dans les cellules.

Il commence à faire l'objet de recherches. Même s'il n'est pas encore classé comme "variant préoccupant" au Royaume-Uni, des travaux sont en cours pour tester sa résistance aux vaccins. En Israël, le Premier ministre a demandé de renforcer l'enquête épidémiologique sur ce nouveau variant et de prendre contact avec les pays où il est présent pour échanger des informations et envisager des changements sur les instructions d'entrée des touristes sur le territoire. Dans son tweet, Scott Gottlieb appelle à une "recherche urgente" sur cette ramification du Delta.

Ce que l'on ne sait pas encore

S'il est plus contagieux et plus dangereux que les autres variants. L'émergence de ce nouveau variant malgré la très forte contagiosité du Delta ayant tendance à écarter les nouvelles souches fait craindre une transmissibilité encore plus forte. Mais "rien ne permet de penser qu'il se propage plus facilement", a tenté de rassurer un porte-parole de Downing Street. Pour François Balloux, directeur de l'Institut de génétique de l'UCL (Londres), le AY4.2 "n'est pas à l'origine de la récente augmentation du nombre de cas au Royaume-Uni", qui compte plus de 40 000 nouvelles contaminations par jour.

Selon lui, avec sa faible fréquence pour l'instant, même "une transmissibilité 10% supérieure n'aurait pu causer qu'un petit nombre de cas supplémentaires". Pour le chercheur, la situation n'est pour l'instant pas "comparable à l'émergence des souches Alpha et Delta qui étaient beaucoup plus transmissibles (50% ou plus) que toutes les souches en circulation à l'époque". Il est également trop tôt pour savoir s'il est plus dangereux.

S'il déjoue l'immunité liée aux vaccins. La progression du AY4.2 au Royaume-Uni met toutefois en lumière un phénomène contre lequel les scientifiques ont mis en garde tout au long de la pandémie : la transmission galopante du virus peut créer de nouveaux variants plus résistants. Comme le souligne un scientifique américain, David States, sur Twitter*, l'augmentation rapide de la prévalence de ce sous-variant Delta suggère qu'il serait capable de résister à une certaine immunité, une grande partie de la population britannique étant désormais complètement vaccinée (près de 80%) ou ayant déjà eu le Covid-19.

"Nous ne savons pas si le delta AY4.2 échappe à l'immunité induite par le vaccin ou, si c'est le cas, quels sont les vaccins les plus efficaces contre lui. Nous ne savons pas non plus s'il est plus susceptible de provoquer des infections graves. Comme je l'ai dit, nous ne savons pas grand-chose", reconnaît le médecin, suggérant de garder un œil attentif sur cette énième mutation.

* Les liens suivis d'un astérisque ouvrent des contenus en anglais.

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