Infographie Contagiosité, efficacité des vaccins, présence en France... Tout savoir sur les variants du Covid-19 en un clin d'œil

Article rédigé par
Alice Galopin - franceinfo
France Télévisions
Publié Mis à jour
Temps de lecture : 11 min.
Connaissances sur les principaux variants du Sars-CoV-2 au 16 juillet 2021. (JESSICA KOMGUEN / FRANCEINFO)

Du variant Alpha, d'abord identifié au Royaume-Uni, au très contagieux variant Delta dont la progression inquiète les autorités, franceinfo résume les connaissances sur les principales nouvelles souches du Sars-CoV-2.

Ce contenu a été mis à jour pour la dernière fois le vendredi 16 juillet. Certaines données peuvent avoir évoluer depuis cette date. Une mise à jour sera réalisée dans les prochains jours. 


Ils se font désormais appeler Alpha, Gamma ou encore Beta. Les variants du Sars-CoV-2, le virus responsable du Covid-19, ont été renommés fin mai par l'Organisation mondiale de la santé (OMS), en partie pour éviter de "stigmatiser" les pays où ils ont été identifiés, mais aussi pour donner aux variants des appellations plus "faciles à prononcer et à retenir".

Difficile de s'y retrouver parmi les nouvelles souches qui ne cessent d'émerger tant que le virus circule. Que sait-on du variant Delta, dont la rapide diffusion en France inquiète les autorités ? Quels sont les variants plus contagieux ? Les vaccins restent-ils efficaces face aux différentes mutations ? Pour y voir plus clair, franceinfo a rassemblé dans un tableau les informations connues à ce jour.

Tableau récapitulatif des connaissances sur les principaux variants du Sars-CoV-2, au 16 juillet 2021. (JESSICA KOMGUEN / FRANCEINFO)

Le variant Alpha détecté au Royaume-Uni

Le variant B.1.1.7, renommé Alpha par l'OMS, a été identifié pour la première fois au Royaume-Uni en septembre 2020, rapporte le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Ce lignage a été classé comme "variant préoccupant" par l'OMS et l'ECDC. Un statut qui implique une "surveillance et des mesures de gestion spécifiques", explique Santé publique France (SPF).

A quel point est-il présent en France ? La proportion de ce variant diminue depuis plusieurs semaines, selon l'analyse de risque liée aux variants émergents, publiée le 30 juin par Santé publique France (SPF) et le Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires. Le variant Alpha représentait 77,4% des prélèvements analysés lors de l'enquête flash de SPF du 8 juin, contre 86,5% des prélèvements de l'enquête conduite le 26 mai. Les données encore partielles de la douzième enquête menée le 22 juin, semblent confirmer cette tendance. Selon les premiers résultats communiqués par SPF, le variant Alpha n'était alors présent que dans quelque 47% des prélèvements.

Est-il davantage contagieux ? Le variant Alpha est considéré comme "40% à 60%" plus contagieux que la souche D614G qui a circulé en Europe lors de la première vague, explique le virologue Bruno Lina, membre du Conseil scientifique. En cause notamment : la présence d'une mutation, N501Y, qui se situe au niveau de la protéine Spike du virus. Celle-ci augmente la capacité du virus à s'attacher aux cellules humaines.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Les quatre vaccins disponibles en France (AstraZeneca, Janssen, Pfizer et Moderna) "restent actifs contre le variant Alpha", assure la Haute Autorité de santé (HAS) dans une note datée du 15 avril (PDF).

Le variant 20I/484K repéré au Royaume-Uni

Le variant 20I/484K, identifié au Royaume-Uni en décembre 2020, est un dérivé d'Alpha. Il est également porteur d'une mutation au niveau du 484e acide aminé de la protéine Spike, un "endroit cible pour le développement d'anticorps neutralisants", explique Bruno Lina. Ce variant est classé comme "préoccupant" par l'ECDC, mais pas par l'OMS.

A quel point est-il présent en France ? Il représentait 2,2% des prélèvements analysés lors de la 11e enquête flash de Santé publique France. Entre avril et mai, une diffusion localisée a été constatée en Bretagne, en Ile-de-France, dans les Hauts-de-France et en Normandie. Aujourd'hui, son niveau de circulation "semble désormais revenu à des niveaux faibles", constate toutefois l'analyse de risque liée aux variants.

Est-il davantage contagieux ? "Il existe encore peu de données de terrain" concernant la contagiosité de ce variant, commente pour franceinfo Mylène Ogliastro, virologue à l'Inrae et vice-présidente de la Société française de virologie. Ses "caractéristiques de transmissibilité sont probablement proches de celles du variant Alpha" dont il est issu, avancent prudemment Santé publique France et le CNR.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? La mutation 484K est susceptible d'engendrer "une diminution d'efficacité" de la réponse immunitaire conférée par une vaccination ou par une contamination antérieure, détaillent les deux organismes. De récentes données in vitro, publiées le 12 mai dans le New England Journal of Medicine (en anglais), n'ont pas montré "d'impact significatif de ce variant sur la réponse neutralisante avec le vaccin de Pfizer", tempère toutefois l'analyse de risque liée aux variants, mais "les données épidémiologiques manquent encore sur l'impact en population de ce variant".

Le variant Beta identifié en Afrique du Sud

Le variant B.1.351, renommé Beta par l'OMS, a été identifié pour la première fois en Afrique du Sud en mai 2020, selon l'ECDC. Ce lignage a été classé comme "variant préoccupant" par l'OMS et l'ECDC.

A quel point est-il présent en France ? Le variant Beta représentait 9,3% des prélèvements analysés lors de la onzième enquête de Santé publique France de suivi des variants. A La Réunion, ce variant est majoritaire, écrit SPF dans son point épidémiologique du 8 juillet. Dans l'Hexagone, "il circule à bas bruit".

Est-il davantage contagieux ? Le variant Beta n'est "pas tellement" plus contagieux que la souche D614G, explique auprès de franceinfo Samira Fafi-Kremer, cheffe de service du laboratoire de virologie des hôpitaux universitaires de Strasbourg. "On estime qu'il a un taux de transmissibilité 35 à 40% plus élevé", avance toutefois Bruno Lina.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Egalement porteur de la mutation 484K, c'est le variant qui présente le risque le plus important d'"abaissement de la protection vaccinale", analyse le virologue. D'après la Haute Autorité de santé, il "apparaît" que le vaccin d'AstraZeneca "n'induit pas de réponse protectrice suffisante" contre ce variant. Dans les territoires où le variant Beta est "significativement présent", comme en Moselle et dans plusieurs départements d'outre-mer, la HAS préconise donc de privilégier les vaccins de Moderna, Pfizer-BioNTech ou Janssen. L'étude ComCor de l'Institut Pasteur suggère de son côté qu'un schéma vaccinal complet avec un vaccin à ARN messager protège à 77% d'une contamination au variant Beta, selon des données publiées le 14 juillet.

Le variant Gamma repéré au Brésil

Le variant P.1, nommé Gamma par l'OMS, a été identifié pour la première fois au Brésil en novembre 2020, selon l'ECDC. Ce lignage a été classé comme "variant préoccupant" par l'OMS et l'ECDC.

A quel point est-il présent en France ? Au 8 juin, 0,4% des prélèvements analysés comportait ce variant, qui se maintient à un niveau très faible dans l'Hexagone. La situation est toutefois différente en Guyane, où le lignage P.1 est "largement majoritaire depuis plusieurs semaines", rapporte Santé publique France.

Est-il davantage contagieux ? Le variant Gamma présente la mutation N501Y qui lui confère un degré de transmission potentiellement accru. Toutefois, son taux de contagiosité est un "peu moins élevé" que le variant Alpha, tempère le Conseil scientifique dans un avis du 16 avril (PDF). Bruno Lina précise que son niveau de transmissibilité probable se situe à un niveau proche du variant Beta.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Face à ce variant porteur de la mutation 484K, l'efficacité des vaccins "paraît conservée mais diminuée", expliquait le Conseil scientifique dans son avis du 16 avril.

Le variant Delta identifié en Inde

Le B.1.617.2 est l'une des trois sous-lignées du variant B.1.617. Baptisée Delta, elle a été repérée pour la première fois en Inde en décembre 2020, précise l'ECDC, et est considérée comme "variant préoccupant" par l'ECDC et l'OMS.

A quel point est-il présent en France ? Au 8 juin, la souche Delta représentait 8,2% des séquences analysées, contre seulement 0,8% fin mai, et 0,2% début mai. Une évolution qui témoigne "d'une diffusion rapide de ce variant au sein de la population française", constatent SPF et le CNR. Les tous premiers résultats issus des deux enquêtes flash suivantes semblent d'ailleurs confirmer que le variant Delta est depuis devenu majoritaire dans l'Hexagone, révèle le point épidémiologique de Santé publique France, daté du 16 juillet. Ces données encore partielles suggèrent que le variant Delta représentait 35% des séquences interprétables lors de douzième enquête du 22 juin, et 55% au cours de la treizième enquête datée du 29 juin. Le criblage des tests, qui offre des données plus récentes mais moins précises que les enquêtes flash, reflète également cette tendance. Entre le 6 et le 12 juillet, 67,5% des quelque 18 700 tests soumis à cette méthode étaient porteurs de la mutation L452R, commune à plusieurs variants, dont le Delta. Même si ce procédé ne détermine pas spécifiquement la part de variant Delta parmi ces tests contenant la mutation L452R, il est "très probable qu'une grande majorité" d'entre eux concernent ce variant, avance l'analyse de risque lié aux variants.

Est-il davantage contagieux ? "Les premières données disponibles semblent suggérer que le variant Delta est plus contagieux que le variant Alpha", explique la virologue Samira Fafi-Kremer. Les autorités sanitaires britanniques ont en effet évoqué, le 11 juin, une contagiosité potentiellement 60% plus importante par rapport au variant identifié au Royaume-Uni.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? L'efficacité des vaccins à ARN messager et du vaccin d'AstraZeneca sur la prévention des formes graves "est établie, y compris vis-à-vis du variant Delta", rapporte la HAS dans une note publiée le 9 juillet. L'autorité française s'appuie notamment sur des données préliminaires (en anglais) publiées le 14 juin et issues de la campagne vaccinale menée au Royaume-Uni. Elles suggèrent une protection de l'ordre de 96% contre les formes du Covid-19 nécessitant une hospitalisation grâce au vaccin de Pfizer. Ce taux est de l'ordre de 92% pour le vaccin d'AstraZeneca. A noter que bien qu'"encourageantes", les données concernant le vaccin de Janssen sont encore "insuffisantes pour conclure formellement à la conservation de [son] efficacité" sur le variant Delta, poursuit la HAS.

Le variant Kappa détecté en Inde

Kappa est une autre sous-lignée du variant B.1.617, identifiée en décembre 2020 en Inde. Début juin, l'OMS a rétrogradé ce lignage en "variant à suivre" car les données existantes sont "insuffisantes pour bien le caractériser et évaluer son impact", explique Santé publique France dans son point épidémiologique du 3 juin.

A quel point est-il présent en France ? Le lignage B.1.617.1 n'a été que sporadiquement détecté en France entre "mars et mai", selon l'analyse de risque liée aux variants, qui ajoute qu'"aucun cas de Kappa n'a été détecté par séquençage au cours du mois de juin". Ce variant "ne semble pas [se] diffuser largement sur le territoire national", concluent SPF et le CNR des virus des infections respiratoires.

Est-il davantage contagieux ?Il n'existe pas encore de "données robustes" concernant la transmissibilité de ce variant, explique Bruno Lina. Aucun impact significatif sur la santé publique n'a pour l'heure été démontré, complètent Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Là encore, les connaissances sont partielles. Des données préliminaires in vitro (en anglais) suggèrent "une susceptibilité légèrement réduite" aux anticorps induits par le vaccin de Pfizer-BioNTech, expliquent les deux organismes.

Le variant B.1.616 repéré en Bretagne

Le variant B.1.616 a été identifié à Lannion (Côtes-d'Armor) en février 2021, selon l'ECDC, qui a classé ce lignage comme "variant à suivre".

A quel point est-il présent en France ? Seuls quelques clusters hospitaliers ont été rapportés dans les Côtes-d'Armor en début d'année. "Ces situations sont désormais contrôlées et le dernier cas confirmé de ce variant a été diagnostiqué à la fin du mois d'avril", ajoute l'analyse de risque liée aux variants.

Est-il davantage contagieux ? Il existe "beaucoup d'hypothèses et peu de certitudes" concernant ce variant, résume Bruno Lina. L'inquiétude autour du lignage B.1.616 réside principalement dans la difficulté à le repérer lors des tests de dépistage, en raison de sa faible présence dans les voies aériennes supérieures, ajoute le virologue.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Les données disponibles à ce stade, issues des analyses du CNR des virus des infections respiratoires, ne montrent pas d'échappement immunitaire (post-infection ou post-vaccinal) significatif de ce variant.

Le variant Eta, identifié au Nigeria et au Royaume-Uni

Le lignage B.1.525, renommé Eta par l'OMS, a été identifié au Nigeria en décembre 2020, selon l'ECDC. Des cas de ce "variant à suivre" ont également été détectés à la même période au Royaume-Uni, écrivaient en juin Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires.

A quel point est-il présent en France ? "Sa détection fluctue d'une enquête flash à l'autre, avec une prévalence se situant entre 1,5 et 2% entre avril et mai", selon l'analyse de risque liée au variant. Au 8 juin, seulement 0,7% des séquences analysées comportait une trace du variant Eta. Des cas ont été repérés dans les 13 régions de l'Hexagone ainsi qu'en Guadeloupe, à la Réunion et à Mayotte.

Est-il davantage contagieux ? Aucun impact significatif sur la santé publique n'a été démontré à ce jour, poursuit l'analyse de risque.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Ce variant comporte la mutation 484K susceptible de diminuer la réponse immunitaire induite par la vaccination. Toutefois, "tous les variants apparus jusqu'à présent répondent aux vaccins disponibles", a rappelé le 20 mai le directeur de l'OMS Europe, Hans Kluge. Même avec un niveau de protection parfois moindre, "il n'y a aujourd'hui aucun vaccin qui soit pris en défaut de façon significative vis-à-vis de l'ensemble des [variants] qui circulent", rassure aussi Bruno Lina. Un constat partagé par Mylène Ogliastro qui insiste sur l'importance de la campagne vaccinale : "Si on laisse circuler le virus, la probabilité de voir de nouveaux variants apparaître augmente."

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