Covid-19 : les traces de virus dans les eaux usées baissent en Île-de-France mais augmentent à Marseille, Nice et Toulouse

Les traces du coronavirus observées dans les eaux usées baissent depuis quelques jours en Ile-de-France, "mais dans un contexte de circulation importante" du virus, précise Vincent Maréchal, professeur de virologie à Sorbonne-Université et cofondateur du projet Obépine (Observatoire épidémiologique dans les eaux usées). Invité de franceinfo dimanche, il appelle à rester prudent et constate "une disparité territoriale très importante" en France, les traces de virus dans les eaux usées augmentant à Marseille, Nice et Toulouse.

Vous scrutez ces données au jour le jour. Est-ce que vous confirmez le constat que ces derniers jours, les traces du virus baissent en Ile-de-France ?

Vincent Maréchal : Effectivement, ce qu'on voit sur l’Ile-de-France, c'est une réduction mais je pense qu'il faut rester prudent. C'est une réduction modérée dans un contexte dans laquelle la circulation du virus, telle qu’on peut l'apprécier dans les eaux usées, reste excessivement élevée. Donc, il faut être prudent. C'est une réduction qui semble indiquer qu'effectivement, les mesures de couvre-feu ou simplement le fait que les mesures barrières sont de mieux en mieux respectées par les Franciliens, peuvent avoir un effet sur la circulation du virus, mais dans un contexte de circulation importante.

Quelle est la tendance sur un temps un peu plus long ? Depuis début janvier, par exemple ?

En Ile-de-France, on a vu une augmentation somme toute assez modérée. On s'inquiétait beaucoup des conséquences des contacts pendant la période des fêtes. Il y a eu une petite augmentation, mais qui n'a pas été très importante. On s'inscrit dans une descente progressive, relativement lente. En revanche, si on regarde d'autres stations sur le territoire national, notamment dans le sud de la France, la situation est très différente. Les signaux qu'on a sur Marseille, Nice, sur Toulouse par ailleurs, semblent montrer que, non seulement le niveau de circulation était élevé, mais qu'il continue à augmenter doucement. C'est assez préoccupant et ça traduit vraiment une disparité territoriale très importante.

Vous êtes en capacité maintenant de scruter et d'analyser les variants ?

On a développé des techniques ciblées qui nous permettent de mettre en évidence certaines signatures bien particulières de certains variants. Les variants qu'on appelle britannique, sud-africain, brésilien ont des signatures sur leur génome que l'on peut retrouver lorsqu'on analyse les virus présents dans les eaux usées. On est en train de finaliser les expériences et confirmer ces données.

L'étape d'après, c'est d'essayer de voir dans quelle mesure ils évoluent au cours du temps. Plus généralement, la question qui se pose, c'est de mettre en place un système de surveillance par séquençage sur les différents territoires pour voir ces variants mais, éventuellement, voir d'autres variants arriver de façon précoce. Le ministre de la Santé Olivier Véran dit que la circulation du virus dans les eaux usées est un signal indirect.

Qu’est-ce que ça veut dire ?

Indirect, ça veut dire qu’on ne compte pas les gens qui sont malades. On a le reflet de ce qu’il y a dans leur tube digestif. Plus le virus circule, plus on en a dans le tube digestif, dans une population donnée. Ces gens vont aux toilettes et évidemment, on finit par retrouver le virus dans les eaux usées.

Donc on a un indicateur qui est indirect, mais il a l'intérêt de prendre en considération toutes les situations, c’est-à-dire aussi bien les gens qui sont symptomatiques que les gens qui sont asymptomatiques. Et vous savez qu'il y a à peu près une personne sur deux qui n'exprime pas signes cliniques. On voit tout le monde. On n'a pas les biais qu'on peut trouver notamment dans les techniques de criblage en population.