D'où vient Omicron ?

Le billet science du weekend avec comme chaque week-end Mathilde Fontez, rédactrice en chef d’Epsiloon. Aujourd’hui, on parle d’Omicron, le nouveau variant du SRAS-CoV-2 qui inquiète beaucoup la planète depuis ces dernières semaines.

franceinfo : Il est très différent des autres, ce qui pose la question de son origine…

Oui, c’est la question du moment. Alors elle est bien sûr moins urgente que celle de savoir comment ce nouveau variant va modifier la pandémie, à quel point il est dangereux, contagieux. Mais c’est une question importante. Parce qu’en comprenant comment Omicron a émergé, on va pouvoir prévoir la suite, l’arrivée des variants d’après. 

Et ce qui interroge, c’est qu’Omicron est très différent ? 

Il a beaucoup de mutations. Une cinquantaine. Dont 32 rien que sur la protéine Spike, vous savez cette protéine de pointe qui sert de grappin au virus pour s’accrocher aux cellules du corps humain. Et beaucoup de ces mutations n’avaient jamais été vues dans d’autres variants.

Ce qui fait dire aux chercheurs qu’il ne s’est pas développé à partir du variant Delta. En fait, ils ont du mal pour l’instant à cerner son parent le plus proche. L’une des hypothèses, est qu’il s’agirait d’une souche qui a divergé très tôt, à partir du virus d’origine, peut-être dès mi-2020. 

Ce variant aurait évolué dans son coin ?

C’est ça. Pour atteindre un tel niveau de différences par rapport au SRAS-CoV-2 d’origine, et aux variants qu’on a vus jusque-là, il faut une grande pression évolutive qui sélectionne ces mutations. Ce qui veut dire du temps. Le virus doit avoir évolué dans l’obscurité, quelque part. Et on le découvre aujourd’hui, très différent des autres.

Alors où s’est-il caché pour évoluer ? Il n’y a pas de réponse pour l’instant. Que des hypothèses. Trois en fait. Soit il a évolué dans une population particulière, qui n’a pas été testée. Sans doute pas en Afrique du Sud – c’est là qu’il est apparu au grand jour mais les tests y sont courants. La deuxième hypothèse, la plus probable pour certains des spécialistes, c’est qu’il ait évolué chez des personnes immunodéprimées, et qui donc, ont abrité le virus pendant des mois. Par exemple des personnes atteintes du VIH.

Et la troisième hypothèse ?

Elle est plus spéculative, et peut-être plus inquiétante si elle se vérifiait : c’est l’idée que le virus serait repassé chez l’animal. Depuis le début de la pandémie, certains spécialistes s’inquiètent de cela : est-ce que les populations animales pourraient constituer une sorte de réservoir du virus, susceptible de le faire réémerger chez l’humain, même après qu’on s’en soit débarrassé ? 

Il y a cet exemple des cerfs dans l’Iowa, qui ont été testés entre novembre 2020 et janvier 2021 : 80% d’entre eux étaient porteurs du virus. Omicron aurait pu circuler et évoluer dans une population animale, puis repasser chez l’homme. Pour trancher entre ces trois hypothèses, et tirer des leçons, il va falloir attendre les données.