Biodiversité : l’ensemble des insectes de forêts pyrénéennes recensé grâce à leur ADN

Une équipe de recherche internationale vient de réaliser une première. Elle a réussi à recenser l’ensemble des insectes présents dans des forêts des Pyrénées, grâce à une analyse basée sur l’ADN environnemental. Ces chercheurs de l’Inrae, du CNRS et de l’université de Tours entendaient mesurer le lien entre la santé des arbres, qui subissent depuis des années un stress climatique et les insectes qu’ils hébergent.

Au départ le travail s’est fait selon la méthode classique : on commence par capturer les animaux, grâce à des pièges, on les rapporte en laboratoire et là, d’habitude les entomologistes entament un long travail de tri et d’identification, insecte par insecte. Un labeur fastidieux et chronophage, explique Élisabeth Herniou, directrice de recherche CNRS au laboratoire IRBI de Tours. "Quand on a des centaines d’échantillons contenant peut-être des milliers d’insectes, ça devient une tâche monstrueuse. Ce qui est très compliqué, c’est de pouvoir identifier des insectes difficiles à différencier comme les petites mouches ou les petites guêpes parasites". Très peu de taxonomistes dans le monde en sont capables, précise Élisabeth Herniou.

Les marqueurs génétiques identifiés à partir d'une soupe d'insectes

Et c’est là qu’intervient la nouvelle méthode, basée sur l’ADN : vous gardez le contenu de vos pièges mais vous le mixer pour obtenir une sorte de soupe de résidus d’insectes dans laquelle vous allez identifier, grâce à des machines, des marqueurs génétiques que vous pouvez comparer à ceux enregistrés dans de vastes bases de données mondiales. C'est ce qu’on appelle le metabarcoding. Cela permet donc une analyse beaucoup plus rapide et plus poussée des échantillons, avec du coup des conclusions plus fines dans le cas de nos de forêts des Pyrénées. "Depuis 2003, ces sapinières des Pyrénées ont vécu plusieurs canicules et des sécheresses importantes, ce qui fait qu’il y a des parcelles où l’on voit beaucoup d’arbres morts. Naïvement, on pourrait penser qu’une forêt en bonne santé va avoir plus d’espèces qu’une forêt en moins bonne santé, présente Élisabeth Herniou.

"En fait, ce qu’on a vu, ce n’est pas qu’il y a moins d’espèces mais qu’il y avait un changement de composition de la communauté des insectes. Et que c’était plus relié à des espèces rares."

Élisabeth Herniou, directrice de recherche CNRS

à franceinfo

"En particulier dans des groupes qu’on n’étudie jamais qui sont les diptères [insecte n'ayant qu'une seule paire d'ailes comme les mouches, les moucherons ou les moustiques] et les hyménoptères [abeilles, guêpes, fourmis et frelons]", précise la chercheuse.

La méthode peut être utilisée de la même manière pour la recherche de plantes ou de bactéries, dans des milieux terrestres mais aussi dans les eaux des océans, pour caractériser donc la présence d’espèces. Elle peut également permettre de découvrir de nouvelles espèces, quand on tombe sur des morceaux d’ADN non répertoriés.